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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】土壤DNA提取及PCR
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qyunpeng

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】土壤DNA提取及PCR 已有11人参与

大家好！我们实验室最近在做土壤DNA提取及PCR等相关实验。我们利用手提方法提取土壤DNA，然后利用Axygen的胶回收试剂盒回收，最后利用ITS1F/ITS4 进行PCR。电泳回收后的260/230及260/280都在1.8左右，但是扩增不出来，而阳性对照能扩增出来，不知是何原因？期待各位高人的指点。另外，大家也可推荐下你们用的土壤DNA提取及纯化方法。
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1楼 2011-02-18 21:49:50
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qyunpeng

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by duckula7708 at 2011-03-22 16:03:41:
土壤的环境比较复杂，提取的DNA肯定含有许多杂质，这些杂质（尤其是腐殖质）会抑制PCR。你可以用一般的DNA纯化试剂盒处理下，然后再调节DNA的浓度，应该就可以了。当然，如果有条件的话直接购买土壤DNA提取试剂盒 ...

土壤确实复杂，腐殖质很麻烦，如果能用上试剂盒就最好不过了，但经费不允许啊。现在在提取前用TENP和PBS洗涤了，但不知这样是否会影响结果？
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14楼2011-03-22 17:04:55
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
翱宇(金币+1): 谢谢交流 2011-02-18 22:55:57

我总是习惯推荐 周集中的 CTAB法，经典，重复性高，适用于几乎所有土壤沉积物及污泥样品。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2011-02-18 22:21:59
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qyunpeng

铁杆木虫 (小有名气)
lstt09nk: 最好引用楼上的帖子，这样他才容易看的到，要不然他不回到这个帖子是看不到你说的话的~~ 2011-03-18 15:36:19

谢谢brightfuture01 虫友！我也是参考周集中（1996）的方法，但是提取后颜色很深，纯化很难。不知你是用哪种纯化方法？
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3楼2011-02-18 22:46:56
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sunlblove

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我提取的样品是黄褐色的 PCR也不能P出东西，是有PCR抑制剂，但是不知道DNA如何除去抑制剂呢？
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4楼2011-03-11 10:52:46
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