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lwg020810

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助成功】急求linux中DMol3的inputfile脚本编写格式？

本人在win版MS中save file得到seedfile.input和seedfile.car两个文件，上传至服务器，然后用RunDMol3.sh运行seedfile，提示line contains an unrecognized keyword。本人将关键词的内容用括号替代，也提示错误，请高手指点！
# Task_parameters^M                                                             <--
Calculate(optimize)^M                                                          <--
Error: INPUT_DMOL error:
  line contains an unrecognized keyword:
  calculate(optimize)^M
Opt_energy_convergence(1.0000e-005)^M                                           <--
Error: INPUT_DMOL error:
  line contains an unrecognized keyword:
  opt_energy_convergence(1.0000e-005)^M
Opt_gradient_convergence(2.0000e-003^A)^M                                     <--
Error: INPUT_DMOL error:
  line contains an unrecognized keyword:
  opt_gradient_convergence(2.0000e-003^a)^M
Opt_displacement_convergence(5.0000e-003^A)^M                                  <--
Error: INPUT_DMOL error:
  line contains an unrecognized keyword:
  opt_displacement_convergence(5.0000e-003^a)^M
Opt_iterations(50)^M

[ Last edited by lwg020810 on 2011-1-8 at 10:00 ]

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1楼 2011-01-07 11:33:47

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lwg020810

金虫 (小有名气)

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★ ★ ★
sunyang1988(金币+3):谢谢总结 2011-01-08 12:35:29

本人惯用MS的server/computer client任务提交模式，而单独只在server上提交任务的standalone模式不是很了解，经多位虫友和qq群友的帮忙，现已解决。其实很简单
第一步，在win版MS中的得到.car和.input文件
第二步，将两文件上传至server，保证文件夹内有一个RunDMol3.sh即可
第三步，由于win版格式不能在linux系统正常读取，需转换.input文件格式，命令为dos2unix .input 回车即可
RunDMol3.sh seedfile就可以计算了
另一种转换input文件格式的方式是（没试过），在linux中vi .input，将内容复制粘贴应该也是可以的。