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【求助成功】急求linux中DMol3的inputfile脚本编写格式？
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本人在win版MS中save file得到seedfile.input和seedfile.car两个文件，上传至服务器，然后用RunDMol3.sh运行seedfile，提示line contains an unrecognized keyword。本人将关键词的内容用括号替代，也提示错误，请高手指点！ # Task_parameters^M <-- Calculate(optimize)^M <-- Error: INPUT_DMOL error: line contains an unrecognized keyword: calculate(optimize)^M Opt_energy_convergence(1.0000e-005)^M <-- Error: INPUT_DMOL error: line contains an unrecognized keyword: opt_energy_convergence(1.0000e-005)^M Opt_gradient_convergence(2.0000e-003^A)^M <-- Error: INPUT_DMOL error: line contains an unrecognized keyword: opt_gradient_convergence(2.0000e-003^a)^M Opt_displacement_convergence(5.0000e-003^A)^M <-- Error: INPUT_DMOL error: line contains an unrecognized keyword: opt_displacement_convergence(5.0000e-003^a)^M Opt_iterations(50)^M [ Last edited by lwg020810 on 2011-1-8 at 10:00 ] |
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2楼2011-01-07 15:10:10
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sunyang1988(金币+3):谢谢总结 2011-01-08 12:35:29
sunyang1988(金币+3):谢谢总结 2011-01-08 12:35:29
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本人惯用MS的server/computer client任务提交模式，而单独只在server上提交任务的standalone模式不是很了解，经多位虫友和qq群友的帮忙，现已解决。其实很简单 第一步，在win版MS中的得到.car和.input文件 第二步，将两文件上传至server，保证文件夹内有一个RunDMol3.sh即可 第三步，由于win版格式不能在linux系统正常读取，需转换.input文件格式，命令为dos2unix .input 回车即可 RunDMol3.sh seedfile就可以计算了 另一种转换input文件格式的方式是（没试过），在linux中vi .input，将内容复制粘贴应该也是可以的。 |
3楼2011-01-08 10:14:32
