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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】分子动力学 固定原子出错
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smartly

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学 固定原子出错 已有3人参与

如题，用siesta的分子动力学计算，想固定部分原子，结果无法运行。。。大家有没有做过固定原子的md？
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1楼 2010-12-30 14:59:58
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wangsong1016

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zhang668(金币+2):多谢指导！ 2010-12-31 13:17:41
引用回帖:
Originally posted by smartly at 2010-12-30 14:59:58:
如题，用siesta的分子动力学计算，想固定部分原子，结果无法运行。。。大家有没有做过固定原子的md？

我尝试了一下固定部分原子，然后用verlet 分子动力学方法计算，计算没有出错，只是收敛性很差，应该跟具体参数有关。不过还是能计算的。你能不能把输入输出的文件拿出来看一下，这样能更有针对性的找到原因。
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2楼2010-12-31 13:07:00
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smartly

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wangsong1016 at 2010-12-31 13:07:00:


我尝试了一下固定部分原子，然后用verlet 分子动力学方法计算，计算没有出错，只是收敛性很差，应该跟具体参数有关。不过还是能计算的。你能不能把输入输出的文件拿出来看一下，这样能更有针对性的找到原因。

我发现我用siesta2.0版计算可以，用3.0版计算就不行。。。可能是版本的问题？？？
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3楼2010-12-31 15:18:28
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wangsong1016

铜虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zhang668(金币+1):多谢交流 2010-12-31 15:29:06
引用回帖:
Originally posted by smartly at 2010-12-31 15:18:28:



我发现我用siesta2.0版计算可以，用3.0版计算就不行。。。可能是版本的问题？？？

哦，我用的是2.0， 3.0的版本我就没试过。
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4楼2010-12-31 15:25:05
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gzqdyouxia(金币+1):谢谢交流 2011-01-14 11:03:17
我记得优化时，固定原子，是用position from N1 to N2.N1, N2，为你原子的序号，但是不可以position 的p只能用小写,大写P是无效的。md我没做过，但是应该是跟优化的固定方式一样吧。我用的是siesta-3,0
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5楼2011-01-14 09:42:52
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smartly

金虫 (小有名气)
引用回帖:
1811492楼: Originally posted by minmin_0082003 at 2011-01-14 09:42:52
我记得优化时，固定原子，是用position from N1 to N2.N1, N2，为你原子的序号，但是不可以position 的p只能用小写,大写P是无效的。md我没做过，但是应该是跟优化的固定方式一样吧。我用的是siesta-3,0

我也是用的position，但是cg的每一步坐标都变了。。。我的是3.0rc2.。。
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6楼2012-09-18 13:44:00
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