24小时热门版块排行榜    

查看: 1267  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

smartly

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学 固定原子出错 已有3人参与

如题,用siesta的分子动力学计算,想固定部分原子,结果无法运行。。。大家有没有做过固定原子的md?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gzqdyouxia(金币+1):谢谢交流 2011-01-14 11:03:17
我记得优化时,固定原子,是用position from N1 to N2.N1, N2,为你原子的序号,但是不可以position 的p只能用小写,大写P是无效的。md我没做过,但是应该是跟优化的固定方式一样吧。我用的是siesta-3,0
5楼2011-01-14 09:42:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

wangsong1016

铜虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zhang668(金币+2):多谢指导! 2010-12-31 13:17:41
引用回帖:
Originally posted by smartly at 2010-12-30 14:59:58:
如题,用siesta的分子动力学计算,想固定部分原子,结果无法运行。。。大家有没有做过固定原子的md?

我尝试了一下固定部分原子,然后用verlet 分子动力学方法计算,计算没有出错,只是收敛性很差,应该跟具体参数有关。不过还是能计算的。你能不能把输入输出的文件拿出来看一下,这样能更有针对性的找到原因。
2楼2010-12-31 13:07:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smartly

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by wangsong1016 at 2010-12-31 13:07:00:


我尝试了一下固定部分原子,然后用verlet 分子动力学方法计算,计算没有出错,只是收敛性很差,应该跟具体参数有关。不过还是能计算的。你能不能把输入输出的文件拿出来看一下,这样能更有针对性的找到原因。

我发现我用siesta2.0版计算可以,用3.0版计算就不行。。。可能是版本的问题???
3楼2010-12-31 15:18:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangsong1016

铜虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zhang668(金币+1):多谢交流 2010-12-31 15:29:06
引用回帖:
Originally posted by smartly at 2010-12-31 15:18:28:



我发现我用siesta2.0版计算可以,用3.0版计算就不行。。。可能是版本的问题???

哦,我用的是2.0, 3.0的版本我就没试过。
4楼2010-12-31 15:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +4 zhaosm1982 2026-08-27 5/250 2026-08-27 12:17 by zhaosm1982
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +5 Kittylucky 2026-08-27 5/250 2026-08-27 12:10 by 姜太公烤鱼
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +4 a089 2026-08-26 5/250 2026-08-27 09:24 by Howard28
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 17/850 2026-08-27 08:20 by 大萍1987
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 +7 晴天加油 2026-08-26 8/400 2026-08-27 07:53 by longfie172
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
信息提示
请填处理意见