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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】dlpoly跑动力学生成的体系，分散到盒子的顶点上了，这是怎么一回事？应该怎么 已有3人参与

我用dlpoly跑动力学生成的REVCON文件，然后我把REVCON文件转换成Gromacs软件中的.gro文件，用VMD查看这个.gro文件，主要是想看看我模拟的体系是一个什么状态，结果出现下面这样的图片：我的体系分散成在盒子的几个顶点上了，这是怎么产生的，应该怎么避免这样的情况。可是我在vmd中在xyz方向多加一个盒子，即用2*2*2个盒子来查看，这时每一个顶点上都是一个完整的体系。。


[ Last edited by tpp001 on 2010-12-20 at 22:25 ]
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1楼 2010-12-20 22:01:08
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david.wang

新虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-21 14:35:50
PBC吧，我觉得因该是正常的
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2楼2010-12-20 23:36:39
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by david.wang at 2010-12-20 23:36:39:
PBC吧，我觉得因该是正常的

是这个原因，可是我不想有这样的结构显示。我生成的REVCON用来转换成.gro文件，还要用这个.gro文件在gromacs中构建一个溶剂化的体系。所以我就不想要这样的结果。不知道应该怎么改变。啊。。
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3楼2010-12-20 23:58:12
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-21 14:36:02
既然知道是PBC引起的 将角上的平移一个盒子就行了
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4楼2010-12-21 12:34:55
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-12-21 12:34:55:
既然知道是PBC引起的 将角上的平移一个盒子就行了

能否说的具体一点怎么样操作？
另外在问一下，如果我把我的分散的那个体系（共38个原子）设定为刚性的rigid，最后跑完后，我的体系还会跑的角上变成这样吗？还有一种方法我打算把它们这几个原子都给冻结了，这种方法我觉得应该不会i跑到角上分散了。。
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5楼2010-12-21 14:16:35
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david.wang

新虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-30 09:51:00
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-12-21 14:16:35:

能否说的具体一点怎么样操作？
另外在问一下，如果我把我的分散的那个体系（共38个原子）设定为刚性的rigid，最后跑完后，我的体系还会跑的角上变成这样吗？还有一种方法我打算把它们这几个原子都给冻结了， ...

对于任何一个分子，以其中任何一个为参考系，平移其他的原子，保证分子内的所有原子是连接转壮，并且没有PBC条件的限制，这样就可以了。

希望对你有帮助
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6楼2010-12-29 21:43:27
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