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lishufei

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】继续求助doml计算过渡态的问题

在拿dmol计算固体表面解离过渡态时我的流程是这样的:
1: 因为不知道确定的初态和终态位置所以我假定了一个初态和终态(从文献上看的大体在那个位置,精确的就不知道啦)进行reaction preview我先进行ts-confrimation在给出的1-2.xcd(1,2 表示假定的初态和终态)找到相对应的初态最低点11和终态最低点22。
2:优化11和22同时计算freq,确保11和22没有虚频也就是保证11 和22 结构很稳定。得到111和222
3:以111 和222做reaction preview进行ts-search计算频率(问题就出现在这,算出来三个虚频一个-1500多一个-200一个-70。-1500是我想要的振动模式其他两个都是平动幅度也很小)
问题一:我想消去那两个不想要的虚频,按照小木虫上的针对dmol消虚频的小程序,把原子做啦调整,我应该是计算能量和频率还是优化结构和频率?
问题二:这个流程对不对?应该怎样做?
设想二我这样做
1:因为不知道确定的初态和终态位置所以我假定了一个初态和终态(从文献上看的大体在那个位置,精确的就不知道啦)进行reaction preview我先进行ts-confrimation在给出的1-2.xcd(1,2 表示假定的初态和终态)找到相对应的初态最低点11和终态最低点22。
2:在11、22分别和ts-confrimation中最高点3进行ts-search看有没有能量最高的点虚频是不是一个
这两种方法那个好一些,还是两个都有问题啊?到底过渡态再没找啊?愁啊

[ Last edited by lishufei on 2010-12-16 at 10:26 ]
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毛毛虫_

银虫 (小有名气)



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您好,第三步,以111 和222做reaction preview进行ts-search计算频率,是怎么做的呢?是不是把111和222.xtd结构放到同一个文件夹里面,搜索TS是用的哪个文件呢?不懂,望指教,十分感谢
2楼2016-04-24 14:56:58
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yuer_hu

铁杆木虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主提问详尽 可惜我对dmol不熟 在这期望大师指点

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-04-24 16:17:19
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