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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助完毕】bader计算和ELF计算的流程和精度
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助完毕】bader计算和ELF计算的流程和精度

希望大家先帮看看我的计算流程原则上是不是正确的，然后说说计算精度的问题。

我的计算流程： geo-opt---->scf---->elf and bader

scf 后, mkdir elf bader
cp scf/*  elf/.

INCAR做如下修改：
ICHARG =11
#MAGMOM = *  * *
LELF = T
LWAVE = F

其它不变。k-mesh不变



cp scf/* bader/.

INCAR做如下修改：
ICHARG = 1
#MAGMOM=* * *
LAECHG = T
LWAVE = F

其他不变。k-mesh不变。


以上两个性质计算中，elf是做非自洽计算的，我的理解是，elf仅仅作为初始电荷密度的数值处理，不需要做自洽计算。而bader需要原子价层电子和内层电子，一般vasp的PAW方法不提供内层电子，所以需要以上一步scf电荷密度做输入，来补全电荷密度。原则上这两个任务设置有问题没？

精度方面，elf计算为了提高精度（图的饱满平滑），需要调高NGX(Y,Z)，然后重新做静态自洽计算。这个不必提高k采样密度，保持不变就好。

bader计算说要适当调高NGX(Y,Z)，使得总电子数等于实际电子数。这个总电子数是不是为bader分析结果文件ACF.dat的最后一行给出的电荷数？

[ Last edited by cenwanglai on 2010-12-16 at 16:14 ]
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1楼 2010-12-14 13:39:14
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
youzhizhe(金币+1):谢谢交流。 2010-12-16 16:12:48
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-12-14 14:28:08:
弱问下，ELF是啥。

电子局域函数

electron localizaiton function

手册5.20节，6.51节。

[ Last edited by cenwanglai on 2010-12-14 at 15:33 ]
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3楼2010-12-14 15:29:07
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
弱问下，ELF是啥。
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2楼2010-12-14 14:28:08
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first_yg

银虫 (小有名气)
帮顶一下，这几天也要学Bader计算
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4楼2010-12-15 15:06:56
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first_yg

银虫 (小有名气)
★
zsl_321123(金币+1): 鼓励交流 2011-05-01 10:46:15
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-12-14 13:39:14:
希望大家先帮看看我的计算流程原则上是不是正确的，然后说说计算精度的问题。

我的计算流程： geo-opt---->scf---->elf and bader

scf 后, mkdir elf bader
[box=white]cp scf/*  elf/.

INCAR做 ...

bader计算说要适当调高NGX(Y,Z)，使得总电子数等于实际电子数。
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2699399&fpage=2

怎么能把NGX(Y,Z)设置的正好使总电子数等于实际电子数呢？
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5楼2010-12-16 15:10:34
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repent03

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by first_yg at 2010-12-16 15:10:34:
bader计算说要适当调高NGX(Y,Z)，使得总电子数等于实际电子数。
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2699399&fpage=2

怎么能把NGX(Y,Z)设置的正好使总电子数等 ...

同样疑问

怎么调设适当的NGX NGY NGZ ?

另外借此问

我们在INCAR加LAECHG这个参数

是在什么时间点呢？

是在做SCF计算食还是说是说要做一个非自洽的计算？

感谢！！
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6楼2011-04-21 11:45:56
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yuer_hu

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
楼主，我这几天也在学习bader电荷分析，但是运行不了bader，总出现cannot execute binary file，还请赐教o(∩_∩)o
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7楼2011-06-13 22:47:48
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by yuer_hu at 2011-06-13 22:47:48:
楼主，我这几天也在学习bader电荷分析，但是运行不了bader，总出现cannot execute binary file，还请赐教o(∩_∩)o

你的bader是否编译好了？好像是要编译的，呵呵，我已经忘记了。编译好后修改权限，让其可以执行。
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8楼2011-06-14 12:24:08
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wujiandongde

木虫 (小有名气)
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楼主您好！我想问下，bader可以处理vasp4.6.28版本的CHGCAR 吗?我看到bader analysis里面讲处理VASP的CHGCAR 时要设置LAECHG=.TRUE. 这个貌似只有4.6.31以后版本才有的。http://theory.cm.utexas.edu/bader/vasp.php
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9楼2011-06-15 10:41:27
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
youzhizhe(金币+3): 谢谢交流。 2011-06-15 19:37:24
引用回帖:
Originally posted by wujiandongde at 2011-06-15 10:41:27:
楼主您好！我想问下，bader可以处理vasp4.6.28版本的CHGCAR 吗?我看到bader analysis里面讲处理VASP的CHGCAR 时要设置LAECHG=.TRUE. 这个貌似只有4.6.31以后版本才有的。[url]http://theory.cm.utexas.edu/bader/ ...

你需要根据要求下载4.6.31版本的vasp，重新编译。

bader分析CHGCAR和做电荷布局分析是两个不同是问题。

分析CHGCAR是没有问题的。你可以尝试一下。但是要设置LAECHG，需要较新版本的vasp.后者分析bader电荷布局。前者可以分析原子磁矩。
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wujiandongde
10楼2011-06-15 11:51:22
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wujiandongde

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-06-15 11:51:22:
你需要根据要求下载4.6.31版本的vasp，重新编译。

bader分析CHGCAR和做电荷布局分析是两个不同是问题。

分析CHGCAR是没有问题的。你可以尝试一下。但是要设置LAECHG，需要较新版本的vasp.后者分析bader电 ...

多谢楼主！！！
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11楼2011-06-15 12:07:05
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yzhang2010

金虫 (小有名气)
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??
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12楼2012-04-16 13:08:27
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pmm12

铁虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by yuer_hu at 2011-06-13 22:47:48
楼主，我这几天也在学习bader电荷分析，但是运行不了bader，总出现cannot execute binary file，还请赐教o(∩_∩)o

你好，我最近刚开始学Bader,运行时也出现了这个问题，请问你当时是i怎么解决的啊
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13楼2013-11-23 23:35:18
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