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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化图形可视化软件 » 【求助】【已解决】Gaussview建分子内坐标使用变量出错
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burwoad

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】【已解决】Gaussview建分子内坐标使用变量出错 已有4人参与

比如乙烯，不使用变量的话，我这样建：
0        1
C
H                1                1.07
H                1                1.07                2                120.0
C                1                1.3552        3                120.0                2                180.0
H                4                1.07                1                120.0                3                0.0
H                4                1.07                1                120.0                3                180.0
这样打开是没问题的，然后我希望将HH键角设为变量，如下：
0        1
C
H                1                1.07
H                1                1.07                2                AHH
C                1                1.3552        3                AHH                2                180.0
H                4                1.07                1                AHH                3                0.0
H                4                1.07                1                AHH                3                180.0

AHH=120.0

可是gaussview打开出错，提示：
CConnectionGauss::ReadGeoLine_GCOM
Undefined symbol: AHH
我相信肯定是我犯了某个低级错误，大家能帮忙指出来吗，我实在是困惑。

[ Last edited by burwoad on 2010-12-13 at 15:35 ]
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1楼 2010-12-12 20:12:47
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ykwang

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使用变量时需要同时提供连接信息。
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Nothing_Is_Impossible!
2楼2010-12-12 20:49:50
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ykwang

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小红豆(金币+3):感谢交流 2010-12-13 08:55:19
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Originally posted by burwoad at 2010-12-12 20:52:55:
提供连接信息需要怎么做？

将第一种格式用GaussView读入，并保存为内坐标的形式，连接信息就会自动加上去。

[ Last edited by ykwang on 2010-12-12 at 21:01 ]
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Nothing_Is_Impossible!
4楼2010-12-12 20:57:37
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ykwang

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Originally posted by burwoad at 2010-12-12 22:40:01:

奇怪，我复制你的代码打开时是正确的，当我重建一个文件一字不差的输入时，却是打开错误，怎么回事呢？

在变量AHH=120.0后加两个空行，表示不提供连接信息即可。
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Nothing_Is_Impossible!
8楼2010-12-13 08:19:16
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ykwang

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Originally posted by burwoad at 2010-12-13 08:45:26:
我照你做的试了下，变量AHH=120.0后加两个空行没解决问题，还是照样打开出错。

我试过没有问题，可能你生成的输入文件或者字符编码不对（应为ASCII码）或者包含了并不显示的非法字符。如果你用的是Windows，用写字板打开输入文件后另存为ASCII码的TXT文件试一试。如果是Linux系统，用unix2dos转换一下即可。
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Nothing_Is_Impossible!
11楼2010-12-13 09:23:27
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ykwang

金虫 (正式写手)
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zhou2009(金币+2): 2010-12-13 11:05:34
引用回帖:
Originally posted by burwoad at 2010-12-13 09:44:01:


我的也是ASCII编码的。但是从大小上看，你的有415bytes，我敲的文件是180bytes，显然差了什么东西。

字节数不能说明问题，因为空格数不同字节数就不同了。楼主的问题已经搞搞清楚了，主要是因为其字符之间不是用空格分隔的，而是用多达3~4个制表符分隔的。制表符本身是允许的，但多了会导致每行字符数超过Gaussian03/09的限制，因而报错。楼主的问题主要就出在这里。
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Nothing_Is_Impossible!
13楼2010-12-13 10:02:15
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ykwang

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Originally posted by burwoad at 2010-12-13 12:58:46:

果然是这样，如果是空格分隔的话，对空格数有要求吗

不是对具体的空格数或制表符数目有要求，而是对每行内的字符数目有要求。由于GaussView中把一个制表符按8个空格对待，而Windows下如果配置不当，好多编辑器或浏览器只按1~2个空格显示，因此用制表符代替空格时很容易越界，即看上去似乎没有超过规定，但实际上超了。
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Nothing_Is_Impossible!
15楼2010-12-13 14:56:41
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