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wanfei

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】希望大家帮我分析下原因

各位大侠：
我算的两个分子间氢键相互作用，得到了下面三个构型，他们的稳定化能的顺序是P>O>B,说明P O比B稳定，可是NBO分析的结果是B 120  O 61  P 64明显是B最高，B的氢键作用最强，应该B最稳定，这和稳定化能顺序不一致，该怎么解释，谢谢
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1楼2010-12-10 11:13:37
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sunhaitao

木虫 (小有名气)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-10 15:08:13
wanfei(金币+1): 2010-12-10 16:11:07
很俗的说法：最好的不一定是最适合的！呵呵

肤浅的分析：尽管B的氢键比其他要强，但是整体构型上来看，比如说空间位阻的角度来看等等，显然p的最合适，因为实际情况是由许多重复单元构成的，又不是就一个单元。
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2楼2010-12-10 11:25:06
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manson1998

金虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-10 15:08:05
wanfei(金币+1): 2010-12-10 16:11:13
立体效应，量子效应。
我还是倾向于能量，其他的什么键级分析，键长，轨道只作参考。
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3楼2010-12-10 11:35:58
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hliu

银虫 (初入文坛)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-10 15:07:58
从你给的图形来看，P中好像不只两个氢键
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4楼2010-12-10 12:08:08
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hliu

银虫 (初入文坛)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-10 15:07:51
建议用AIM2000等分析判断成键情况
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5楼2010-12-10 12:11:01
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-10 15:07:44
这种类似W-C平面碱基对的结构还是要看结合能，还是你那个NBO分析的120，61，64是什么意思？
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6楼2010-12-10 14:52:46
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wanfei

金虫 (小有名气)
我用AIM分析了，他们都只有两个氢键，120.60.64是我将每个化合物的两个氢键的NBO结果，即使二阶稳定华能和加的数值。可是如果看能量的，审稿人肯定会提出这个问题啊，问我们的NBO结果怎么和稳定化能相差大。而且在NBO分析时我也不知道该怎么解释
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7楼2010-12-10 16:15:29
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
楼主，很负责任的告诉你，从你图上的距离来看，NBO结果是绝对可靠的，因为H键的距离和能量有非常高的线性相关性。所以，我的猜测是你算能量的方法或者基组问题。比如说，你是用的DFT和小基组，你换成MP2和稍大点的基组（特别H要加上弥散和极化函数）。还有，你考虑BSSE校正了没有？
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8楼2010-12-10 18:40:15
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wanfei

金虫 (小有名气)
用的是DFT的6-31+g*的，再大我的机子就算不了了，可是构型的相互作用能大小除了和氢键强弱还应该跟空间位阻有关系吧，所以上面有人提到是空间位阻或其他因素有关？
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9楼2010-12-10 19:54:34
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狼外婆

金虫 (著名写手)
同意8楼的意见！
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10楼2010-12-10 23:38:12
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wanfei

金虫 (小有名气)
可是我现在怎么解释呢，希望大家帮帮忙
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11楼2010-12-11 10:48:27
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