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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【求助】关于PWscf在机群上并行的问题
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暖秋

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于PWscf在机群上并行的问题

前几天发过一个帖子，PWscf并行不了，谢谢大家的帮忙。现在发现是可以的，但存在以下问题，请各位帮帮忙：


       我以root身份在node1上编译的PWscf，发现只有在node1上才能检测到并行环境，在其他节点下面configure的时候检测不到并行环境。请问这是什么原因？难道要在每个节点上都装上mpi？还有，在node1并行编译后，只有以root身份在node1下面算才可以并行。在别的节点上以root身份也并行不了，用一般用户身份就更并行不了了,请问这些是什么原因引起的，能怎样解决？是不是涉及到权限的问题？请大家帮帮分析指教。。。。谢谢！
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1楼 2010-12-08 10:40:11
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
暖秋(金币+1): 2010-12-08 15:48:30
引用回帖:
Originally posted by 暖秋 at 2010-12-08 10:40:11:
前几天发过一个帖子，PWscf并行不了，谢谢大家的帮忙。现在发现是可以的，但存在以下问题，请各位帮帮忙：


       我以root身份在node1上编译的PWscf，发现只有在node1上才能检测到并行环境，在其他节点下面 ...

安装pwscf不要以root身份安装
建议重新用普通用户身份安装一下，然后以普通用户登录，应该各个节点可以运行的
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2楼2010-12-08 12:00:40
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子虚乌有5388

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流经验 2010-12-08 15:12:58
暖秋(金币+1): 2010-12-08 15:48:33
我以普通安装在自己目录下，可以在各个节点并行使用。
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3楼2010-12-08 14:53:44
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暖秋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-12-08 12:00:40:


安装pwscf不要以root身份安装
建议重新用普通用户身份安装一下，然后以普通用户登录，应该各个节点可以运行的

请问：你是把装PWscf所需要的并行环境，数学库等东西全部安装在自己的个人帐号下吗？
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4楼2010-12-08 15:52:28
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暖秋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 子虚乌有5388 at 2010-12-08 14:53:44:
我以普通安装在自己目录下，可以在各个节点并行使用。

请问：你是把装PWscf所需要的并行环境，数学库等东西全部安装在自己的个人帐号下吗？
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5楼2010-12-08 15:52:40
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+1):谢谢指点 2010-12-08 15:59:56
引用回帖:
Originally posted by 暖秋 at 2010-12-08 15:52:28:



请问：你是把装PWscf所需要的并行环境，数学库等东西全部安装在自己的个人帐号下吗？

不用，但是普通软件最好用普通用户
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6楼2010-12-08 15:56:17
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暖秋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-12-08 15:56:17:


不用，但是普通软件最好用普通用户

我刚configure了一下，在自己的帐号下连编译器都找不到，这是不是这些东西的权限问题？还有，以root身份安装跟以普通帐号安装有什么区别吗？
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7楼2010-12-08 16:16:45
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢指点 2010-12-08 19:33:23
引用回帖:
Originally posted by 暖秋 at 2010-12-08 16:16:45:


我刚configure了一下，在自己的帐号下连编译器都找不到，这是不是这些东西的权限问题？还有，以root身份安装跟以普通帐号安装有什么区别吗？

集群上有区别，单机的话只能用root运行，不能用普通用户运行
集群上的话即使用root安装，分节点的也不能用root运行
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8楼2010-12-08 16:55:51
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暖秋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-12-08 16:55:51:


集群上有区别，单机的话只能用root运行，不能用普通用户运行
集群上的话即使用root安装，分节点的也不能用root运行

请问您的意思是：如果在机群上用root身份安装，除了安装的节点，别的节点下是不能并行的。对吗？那是不是在机群上就只能在普通帐号下安装？可是用自己的普通帐号的话，configure也不能找到编译器，怎么回事？需要的东西都要一股脑儿地在普通帐号下安装？
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9楼2010-12-08 17:05:30
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+2):谢谢交流 2010-12-08 19:33:43
你这个问题好像linux本身的问题。
看一下你自己的.bashrc文件，里面有没有你所用的编译器。不知道你的编译器用的是什么，一般gcc和gfortran不用，但是icc和ifort一定要用。给你个我的.bashrc,不过里面很多代码我也看不懂。
# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# User specific aliases and functions
export OMP_NUM_THREADS=1
source /opt/intel/cce/10.1.011/bin/iccvars.sh
source /opt/intel/fce/10.1.011/bin/ifortvars.sh
source /opt/intel/mkl/10.2.1.017/tools/environment/mklvarsem64t.sh
#source /opt/intel/impi/3.2.0.011/bin64/mpivars.sh

#source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/iccvars.sh intel64
#source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/ifortvars.sh intel64
#source /opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/tools/environment/mklvarsem64t.sh
#export PATH=/opt/mvapich/intel/bin:$PATH
export PATH=/opt/mvapich2/bin:$PATH
#export PATH=/opt/mvapich2-tcp/bin:$PATH

export PATH=/opt/matlab/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/matlab/bin/glnxa64:$LD_LIBRARY_PATH


#------------------------------------------------------------------------
# this is for XCRYSDEN 1.4.1; added by XCRYSDEN installation on
# Tue Oct 27 17:11:09 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
XCRYSDEN_TOPDIR=/home/dx/proc/XCrySDen-1.4.1bin-static
XCRYSDEN_SCRATCH=/home/dx/xcrys_tmp
export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH
PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util"
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10楼2010-12-08 18:00:25
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暖秋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2010-12-08 18:00:25:
你这个问题好像linux本身的问题。
看一下你自己的.bashrc文件，里面有没有你所用的编译器。不知道你的编译器用的是什么，一般gcc和gfortran不用，但是icc和ifort一定要用。给你个我的.bashrc,不过里面很多代码我 ...

谢谢！
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11楼2010-12-08 19:02:34
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暖秋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-12-08 15:56:17:


不用，但是普通软件最好用普通用户

但是我用普通用户帐号除了在node1（编译器等的安装节点）能检测到并行环境和编译器，在别的节点上都检测不到。在node1下面用普通帐号又安装了一遍，发现在别的节点还是不能并行。。。请问这是什么原因？
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12楼2010-12-08 19:05:50
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 暖秋 at 2010-12-08 19:05:50:


但是我用普通用户帐号除了在node1（编译器等的安装节点）能检测到并行环境和编译器，在别的节点上都检测不到。在node1下面用普通帐号又安装了一遍，发现在别的节点还是不能并行。。。请问这是什么原因？

不太了解你们集群的配置，最好找下管理员让他帮一下忙
这个很好编译的
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13楼2010-12-08 21:37:07
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
是的，应该是你的机器本身的并行环境没有设置好。按道理是应该在你的集群的主节点上编译好之后，在各个节点都能用。而不是每个分节点去分别编译，这本身就是存在问题的。
你应该看看你的集群的使用方法。
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14楼2010-12-08 21:42:49
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暖秋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2010-12-08 21:42:49:
是的，应该是你的机器本身的并行环境没有设置好。按道理是应该在你的集群的主节点上编译好之后，在各个节点都能用。而不是每个分节点去分别编译，这本身就是存在问题的。
你应该看看你的集群的使用方法。

谢谢。。。
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15楼2010-12-08 21:54:38
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meng303

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请教一下，pwscf并行的机群怎么样关机？
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16楼2011-01-05 15:20:07
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