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暖秋

新虫 (小有名气)

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虫号: 797547

[交流] 【求助】关于PWscf在机群上并行的问题

前几天发过一个帖子，PWscf并行不了，谢谢大家的帮忙。现在发现是可以的，但存在以下问题，请各位帮帮忙：

我以root身份在node1上编译的PWscf，发现只有在node1上才能检测到并行环境，在其他节点下面configure的时候检测不到并行环境。请问这是什么原因？难道要在每个节点上都装上mpi？还有，在node1并行编译后，只有以root身份在node1下面算才可以并行。在别的节点上以root身份也并行不了，用一般用户身份就更并行不了了,请问这些是什么原因引起的，能怎样解决？是不是涉及到权限的问题？请大家帮帮分析指教。。。。谢谢！

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1楼 2010-12-08 10:40:11

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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+2):谢谢交流 2010-12-08 19:33:43

你这个问题好像linux本身的问题。
看一下你自己的.bashrc文件，里面有没有你所用的编译器。不知道你的编译器用的是什么，一般gcc和gfortran不用，但是icc和ifort一定要用。给你个我的.bashrc,不过里面很多代码我也看不懂。
# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi

# User specific aliases and functions
export OMP_NUM_THREADS=1
source /opt/intel/cce/10.1.011/bin/iccvars.sh
source /opt/intel/fce/10.1.011/bin/ifortvars.sh
source /opt/intel/mkl/10.2.1.017/tools/environment/mklvarsem64t.sh
#source /opt/intel/impi/3.2.0.011/bin64/mpivars.sh

#source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/iccvars.sh intel64
#source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/ifortvars.sh intel64
#source /opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/tools/environment/mklvarsem64t.sh
#export PATH=/opt/mvapich/intel/bin:$PATH
export PATH=/opt/mvapich2/bin:$PATH
#export PATH=/opt/mvapich2-tcp/bin:$PATH

export PATH=/opt/matlab/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/matlab/bin/glnxa64:$LD_LIBRARY_PATH

#------------------------------------------------------------------------
# this is for XCRYSDEN 1.4.1; added by XCRYSDEN installation on
# Tue Oct 27 17:11:09 CST 2009
#------------------------------------------------------------------------
XCRYSDEN_TOPDIR=/home/dx/proc/XCrySDen-1.4.1bin-static
XCRYSDEN_SCRATCH=/home/dx/xcrys_tmp
export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH
PATH="$XCRYSDEN_TOPDIR:$PATH:$XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:$XCRYSDEN_TOPDIR/util"

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10楼2010-12-08 18:00:25

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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

暖秋(金币+1): 2010-12-08 15:48:30

引用回帖:

Originally posted by 暖秋 at 2010-12-08 10:40:11:
前几天发过一个帖子，PWscf并行不了，谢谢大家的帮忙。现在发现是可以的，但存在以下问题，请各位帮帮忙：

我以root身份在node1上编译的PWscf，发现只有在node1上才能检测到并行环境，在其他节点下面 ...

安装pwscf不要以root身份安装
建议重新用普通用户身份安装一下，然后以普通用户登录，应该各个节点可以运行的

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2楼2010-12-08 12:00:40

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