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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】求博士论——文分子对接在药物设计中的应用
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sibsqq

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求博士论——文分子对接在药物设计中的应用

上海药物所陈凯先，蒋华良的博士研究生罗小民的博士论文

药物设计新手的导读首选材料

　　　　　　　
　　目 录

文摘
英文文摘
第一章 分子对接及其在药物设计中的应用

1.1引言
1.2分子对接法的基本原理
1.3Docking
1.4DOCK

1.4.1形状匹配
1.4.2分而治之的匹配算法
1.4.3基于经验势能函数的评价函数
1.4.4柔性对接

1.5AutoDock

1.5.1评价函数
1.5.2柔性搜寻方法

1.6FlexX

1.6.1FlexX对化学现象的模拟
1.6.2对接算法

1.7FlexiDock

1.7.1FlexiDock预处理
1.7.2FlexiDock中的遗传算法

1.8分子对接在药物设计中的应用

1.8.1 HIV-1蛋白酶
1.8.2胸苷酸合成酶
1.8.3流行感冒血凝素
1.8.4寄生虫蛋白酶

1.9结语
参考文献

第二章 酪氨酸激酶抑制剂的分子设计及其与酪氨酸激酶的作用机理研究

2.1引言
2.2研究方法
2.3结果与讨论

2.3.1 DOCK 4.0能量与Sybyl分子力学能量特征
2.3.2分子结构特征

2.4药理测试
2.5结论
参考文献

第三章 乙酰胆碱酯酶抑制剂的数据库搜寻及其与乙酰胆碱酯酶的作用机理研究

3.1引言
3.2石杉碱甲衍生物与乙酰胆碱酯酶的作用机理

3.2.1研究方法
3.2.2结果与讨论
3.2.3小结

3.3利用三维药效基团搜寻以及分子对接方法寻找新型乙酰胆碱酯酶抑制剂

3.3.1研究方法
3.3.2结果与讨论

3.4利用分子对接方法从天然产物中搜寻乙酰胆碱酯酶抑制剂先导化合物

3.4.1研究方法
3.4.2结果与讨论
3.4.3小结

3.5结论
参考文献

第四章 白桦子酸及齐墩果酸类抗HIV试剂的定量构效关系研究

4.1引言
4.2研究方法
4.3结果与讨论
4.4结论
参考文献

第五章 分子对接程序DOCK 4.0在国产超级计算机上的并行化

5.1引言
5.2程序移植及并行化
5.3结果及讨论

5.3.1神威超级计算机，DEC alpha工作站计算结果与SGI 工作站计算结果比较
5.3.2并行分子对接的效率
5.3.3今后改进的方向

5.4结论
参考文献

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论坛里谁有这篇论文吗？可否共享下，最近课题需要做dock，急需protocol，谢谢啊。
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1楼 2010-12-01 01:15:41
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ruofei16888

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
楼主能给我发一份么，多谢！
yanxuxyyz@163.com
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-12-31 03:41:13
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
罗小民已经是很老的博士了，内容还很新吗？
赞一下 回复此楼
2楼2010-12-01 07:58:05
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sibsqq

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-12-01 07:58:05:
罗小民已经是很老的博士了，内容还很新吗？

恩，因为我是初学者，所以想了解一些基本的原理，这些应该不会有太大的变化的。

请问，你有这个论文吗？如果有，可以发我一份吗？
wangqiustc@gmail.com
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-01 09:17:17
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xgniu

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5):谢谢 2010-12-01 11:28:09
sibsqq(金币+10):谢谢你的提供，虽然我已经找到了，还是兑现奖励，以后多切磋，呵呵。 2010-12-01 20:04:54
http://good.gd/851643.htm
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-12-01 11:02:35
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简单回复
weiwang25998楼
2011-05-04 16:46   回复  
引用回帖:
Originally posted by xgniu at 2010-12-01 11:02:35: http://good.gd/851643.htm

谢谢分享
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