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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 基础理论 » 【求助】如何将文献中的原子坐标转换为晶体结构
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childsliu

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[交流] 【求助】如何将文献中的原子坐标转换为晶体结构


space group C2/C

请问应该用什么软件 具体怎么操作
并存为其他格式的文件 如 PDB XYZ
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1楼 2010-11-28 18:53:28
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recen

木虫 (文坛精英)
mark一下 这个我也想知道
有这个软件的话 麻烦传上来 大家分享
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2楼2010-11-28 20:20:19
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fani0

银虫 (初入文坛)
childsliu(金币+2):谢谢 2010-11-29 09:51:50
用diamond不行么
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3楼2010-11-28 22:56:24
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)
childsliu(金币+5):但是打开的cif文件只能显示晶胞里面的一部分 而不是全部显示这个晶胞 不知道怎么补全 2010-11-29 09:52:54
这个可以用diamond，把空间群和坐标输进去然后生成结构，但是很麻烦，你要一个一个的输入。还有一种方法就是去CCDC里面把cif文件下载下来，直接用diamond打开就行了。。。
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4楼2010-11-28 23:19:13
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juzi121

金虫 (正式写手)
嗯，楼上分析很到位
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5楼2010-11-29 09:01:13
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fani0

银虫 (初入文坛)
childsliu(金币+2):谢谢 2010-11-30 15:22:14
cif文件有时候会有问题  其实一个一个输也不错啊  可以仔细检查
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6楼2010-11-29 22:02:08
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)
childsliu(金币+3):应该是这样的 这部分经过一些对称操作 才能填充为一个晶胞 但不知道如何充满 2010-11-30 15:22:04
你指的是结构的对称性太高么，所以只显示一部分？

可以把stereo打开看看
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7楼2010-11-29 22:32:54
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)
childsliu(金币+3):好像还是不行 如果方便的话 看下CIF文件 2010-12-01 10:51:57
如果是对称性太高的话，即使你输入所有的原子坐标，还是只有一部分才对。所以你要打开stereo。估计会解决这个问题
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8楼2010-12-01 00:13:46
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)
CIF文件
http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=10313242bxglt7q8aba5v5za
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9楼2010-12-01 10:52:06
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)
你这个分子好大啊，应该是好多的重复单元，你应该是只有一部分就够了···
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10楼2010-12-01 11:36:30
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