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zhj10.26

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】在oniom计算中amber电荷是怎么得到的

在oniom计算中C-CA--0.25 的-0.25电荷是怎么得到的呢？谢谢

example：
# ONIOM(B3LYP/6-31G(d):Amber) Geom=Connectivity

2 layer ONIOM job

0 1 0 1 0 1
C-CA--0.25  0 -4.703834 -1.841116 -0.779093 L
C-CA--0.25  0 -3.331033 -1.841116 -0.779093 L H-HA-0.1  3
C-CA--0.25  0 -2.609095 -0.615995 -0.779093 H
C-CA--0.25  0 -3.326965    0.607871 -0.778723 H
C-CA--0.25  0 -4.748381    0.578498 -0.778569 H
C-CA--0.25  0 -5.419886 -0.619477 -0.778859 L H-HC-0.1  5
H-HA-0.1 0 -0.640022 -1.540960 -0.779336 L
H-HA-0.1 0 -5.264565 -2.787462 -0.779173 L
H-HA-0.1 0 -2.766244 -2.785438 -0.779321 L
C-CA--0.25  0 -1.187368 -0.586452 -0.779356 L H-HA-0.1  3
C-CA--0.25  0 -2.604215    1.832597 -0.778608 H
H-HA-0.1 0 -5.295622    1.532954 -0.778487 H
H-HA-0.1 0 -6.519523 -0.645844 -0.778757 L
C-CA--0.25  0 -1.231354    1.832665 -0.778881 L H-HC-0.1  11
C-CA--0.25  0 -0.515342    0.610773 -0.779340 L
H-HA-0.1 0 -3.168671    2.777138 -0.778348 H
H-HA-0.1 0 -0.670662    2.778996 -0.779059 L
H-HA-0.1 0 0.584286    0.637238 -0.779522 L

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1楼 2010-11-23 11:30:38

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xuhu_11

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zhj10.26(金币+5): 2010-11-23 15:16:16

这是Amber程序不识别小分子信息的一部分，可在Gauss中用POP=MK拟合静电势得到，具体可参考下Amber教程。
下面是核酸小分子供你参考：
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/section1.htm

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