应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】在oniom计算中amber电荷是怎么得到的
21/1返回列表
查看: 696  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhj10.26

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】在oniom计算中amber电荷是怎么得到的

在oniom计算中C-CA--0.25 的-0.25电荷是怎么得到的呢？谢谢

example：
# ONIOM(B3LYP/6-31G(d):Amber) Geom=Connectivity
       
2 layer ONIOM job
       
0 1 0 1 0 1
C-CA--0.25  0   -4.703834    -1.841116    -0.779093 L
C-CA--0.25  0   -3.331033    -1.841116    -0.779093 L H-HA-0.1  3
C-CA--0.25  0   -2.609095    -0.615995    -0.779093 H
C-CA--0.25  0   -3.326965     0.607871    -0.778723 H
C-CA--0.25  0   -4.748381     0.578498    -0.778569 H
C-CA--0.25  0   -5.419886    -0.619477    -0.778859 L H-HC-0.1  5
H-HA-0.1    0   -0.640022    -1.540960    -0.779336 L
H-HA-0.1    0   -5.264565    -2.787462    -0.779173 L
H-HA-0.1    0   -2.766244    -2.785438    -0.779321 L
C-CA--0.25  0   -1.187368    -0.586452    -0.779356 L H-HA-0.1  3
C-CA--0.25  0   -2.604215     1.832597    -0.778608 H
H-HA-0.1    0   -5.295622     1.532954    -0.778487 H
H-HA-0.1    0   -6.519523    -0.645844    -0.778757 L
C-CA--0.25  0   -1.231354     1.832665    -0.778881 L H-HC-0.1  11
C-CA--0.25  0   -0.515342     0.610773    -0.779340 L
H-HA-0.1    0   -3.168671     2.777138    -0.778348 H
H-HA-0.1    0   -0.670662     2.778996    -0.779059 L
H-HA-0.1    0    0.584286     0.637238    -0.779522 L
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-23 11:30:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuhu_11

金虫 (职业作家)
zhj10.26(金币+5): 2010-11-23 15:16:16
这是Amber程序不识别小分子信息的一部分，可在Gauss中用POP=MK拟合静电势得到，具体可参考下Amber教程。
下面是核酸小分子供你参考：
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/section1.htm
赞一下 回复此楼
2楼2010-11-23 12:17:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhj10.26 的主题更新
21/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭