应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock4.2对接时，柔性残基的选择
21/1返回列表
查看: 730  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

我芹菜

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】autodock4.2对接时，柔性残基的选择

本人使用的是AUTODOCK4.2版本，在对接的时候，要选择柔性残基，不知道选择什么样的，。另，在验证试验中RMSD值在多少以内比较好，如何通过RMSD值来确定验证试验的结果是否好，请教各位，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-11-23 09:01:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
我芹菜(金币+1): 2010-12-10 08:56:14
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:47:32
首先，你去看看Autodock的教程，会有很详细的教你怎么做柔性对接的。

其次，如果配体小分子刚性好，那么rmsd一般要求小于1.5，如果小分子柔性大，一般要求小于2.5

这只是验证Autodck是否可以重现晶体结构中的结合模式而已，其他方面谨慎考虑.
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-12-10 01:05:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 我芹菜 的主题更新
21/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-13 3/150 2026-11-15 04:05 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 8/400 2026-11-14 22:51 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-14 22:04 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-14 12:51 by KXypaGgBBlw7
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-13 11:37 by Equinoxhua
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 5/250 2026-11-13 11:15 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 04:21 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:48 by ECLTXnJnRSXf
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 6/300 2026-11-12 12:42 by ECLTXnJnRSXf
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 5/250 2026-11-12 11:44 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +8 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 3/150 2026-11-12 08:26 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:25 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭