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我芹菜

铜虫 (小有名气)


[交流] 【求助】autodock4.2对接时,柔性残基的选择

本人使用的是AUTODOCK4.2版本,在对接的时候,要选择柔性残基,不知道选择什么样的,。另,在验证试验中RMSD值在多少以内比较好,如何通过RMSD值来确定验证试验的结果是否好,请教各位,谢谢
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
我芹菜(金币+1): 2010-12-10 08:56:14
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:47:32
首先,你去看看Autodock的教程,会有很详细的教你怎么做柔性对接的。

其次,如果配体小分子刚性好,那么rmsd一般要求小于1.5,如果小分子柔性大,一般要求小于2.5

这只是验证Autodck是否可以重现晶体结构中的结合模式而已,其他方面谨慎考虑.
2楼2010-12-10 01:05:48
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