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我芹菜

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】autodock4.2对接时，柔性残基的选择

本人使用的是AUTODOCK4.2版本，在对接的时候，要选择柔性残基，不知道选择什么样的，。另，在验证试验中RMSD值在多少以内比较好，如何通过RMSD值来确定验证试验的结果是否好，请教各位，谢谢
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1楼 2010-11-23 09:01:55
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
我芹菜(金币+1): 2010-12-10 08:56:14
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:47:32
首先，你去看看Autodock的教程，会有很详细的教你怎么做柔性对接的。

其次，如果配体小分子刚性好，那么rmsd一般要求小于1.5，如果小分子柔性大，一般要求小于2.5

这只是验证Autodck是否可以重现晶体结构中的结合模式而已，其他方面谨慎考虑.
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2楼2010-12-10 01:05:48
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