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guohui_Hao

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】gaussian 重复文献工作 已有3人参与

gaussian 对文献中物质进行重复工作:采用相同的机组和理论进行opt Freq 计算出来的几何优化结构和频率均不一样 是不是文献中有未提到的优化过程??
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)


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有可能是引入了修正,或者不同的条件等等。也可能是软件版本不同 或者是 有一些失误 可能是你 可能是他 所以才有comment
2楼2010-11-23 11:57:17
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guohui_Hao

银虫 (小有名气)

文献中提到:

“理论模拟统一采用Gaussian03软件包中的DFT/B3LYP/6-31G(d)方法。都是首
先对各个单分子构型精确的进行优化,然后在几何优化好的结构上,应用相同的
方法和基组对对它们的红外振动频率进行模拟计算。”

我的重复性工作:利用chem3D直接生成gjf, 利用高斯03 进行opt+freq 结果不一样,不知道大家是否遇到过?  是否需要gaussview来生成gjf??

谢谢大家了!!
3楼2010-11-25 08:27:10
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人


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差别大么? 你可以试试用他计算的结构来重复一下。
如果差别很大的话,可能你给的初始模型不准
惺惺相惜情不自禁
4楼2010-11-25 08:45:27
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guohui_Hao

银虫 (小有名气)

就是不太懂初始模型是怎么弄的,我是直接chemcd画出 3d生成gjf了  不知道这样对不对?
5楼2010-11-25 08:58:03
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人


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引用回帖:
Originally posted by guohui_Hao at 2010-11-25 08:58:03:
就是不太懂初始模型是怎么弄的,我是直接chemcd画出 3d生成gjf了  不知道这样对不对?

。。。。。。不建议 模型越复杂越不对
惺惺相惜情不自禁
6楼2010-11-25 09:05:59
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guohui_Hao

银虫 (小有名气)

可否Q聊下 254281974
7楼2010-11-25 09:17:50
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guohui_Hao

银虫 (小有名气)

文献中一般都采用DFT进行分子建模和优化,不知道无晶体结构的物质还能采用什么好的方法优化?
8楼2010-11-25 11:08:01
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人


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引用回帖:
Originally posted by guohui_Hao at 2010-11-25 11:08:01:
文献中一般都采用DFT进行分子建模和优化,不知道无晶体结构的物质还能采用什么好的方法优化?

DFT目前来说是比较合适的。
但是你的问题在于初始结构,不在于你用什么方法。查阅文献或者相关文献找到类似结构给出合理初始猜想再做优化吧。
惺惺相惜情不自禁
9楼2010-11-25 11:44:48
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guohui_Hao

银虫 (小有名气)

我懂了 谢谢你了!!
10楼2010-11-25 15:21:34
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