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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】VMD如何选定重原子
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leewz922

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】VMD如何选定重原子

我想选定分子中的重原子，即除了氢之外的原子，在VMD的 TKcole输入，set X [atomselect top "protein not name "H.*""] 但是选定不了，提示extra characters after close-quote。百思不得其解，忘高手赐教。怎么用VMD选定除了氢原子之外的原子？
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1楼 2010-11-21 20:04:38
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-22 15:38:57
leewz922(金币+10):Absolutely right! 10分感谢！ 2010-11-22 21:06:48
命令：set   x  [atomselect   top  "protein  and noh" ]
你可以用$x  num
查看x定义的原子跟你的protein中的重原子是否相符。
希望有帮到你!
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2楼2010-11-22 15:36:43
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wdali

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):新手也威武~哈哈 2010-11-24 23:56:34
直接not hydrogen 行不行？小弟新手，勿喷
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3楼2010-11-24 09:22:24
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leewz922

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wdali at 2010-11-24 09:22:24:
直接not hydrogen 行不行？小弟新手，勿喷

可以的，not hydrogen 和noh一样的
set x [atomselect top "protein and not hydrogen"] 就把除了氢原子都选上了
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4楼2010-11-24 15:33:15
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