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【求助】g03指定分子片段的电荷与自旋多重度已有3人参与
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| g03说明书上有指定分子的电荷与自旋多重度，在分子说明部分，但怎样指定分子片段的电荷与自旋多重度？请教了，感谢所有参与者！ |
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ykwang
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2楼2010-11-16 10:20:21
3楼2010-11-16 11:06:26
ykwang
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4楼2010-11-16 11:12:00
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我查看手册了，手册上也是指定整个分子的电荷与自旋自由度。 我的输入如下： %Chk=bsseFe %Mem=500MB %Nproc=4 #T B3LYP/genecp counterpoise=2 opt freq bsse correct with counterpoise, lanl2dz for Fe, 6-311+G(d,p) for O and H 2 5 26 -0.570659 0.000000 0.000000 2 8 1.366493 0.000000 0.000000 1 1 1.952522 0.789760 0.000150 1 1 1.952675 -0.789682 0.000150 1 Fe 0 lanl2dz **** H O 0 6-311+G(d,p) **** Fe 0 lanl2dz 结果显示： Charge = 2 Multiplicity = 5 in supermolecule Charge = 2 Multiplicity = 5 in fragment 1. Charge = 2 Multiplicity = 5 in fragment 2. 我的本意是对于fragment 1的电荷与自旋多重度设为0 1，对于fragment 2的电荷与自旋多重度设为2 5 不知道怎样实现，请指教！非常感谢！ |
5楼2010-11-16 11:43:35
ykwang
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6楼2010-11-16 12:02:34
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请问例子里X,1,1.,2,X3O 与 X,2,1.,1,52.5,3,180.,0两行什么意思？另外怎么还有H7 H8? 例子与一般的Z-matrix不一样，前三行还能看懂，后面的就没看懂，例子输入坐标如下，请耐心指教，谢谢！ 0,1,0,3,1,2 O,0.0,0.0,0.0,1 structures begin here O,1,ROO,2 X,1,1.,2,X3O H,1,RO1H,3,HOX3,2,90.,0,1 H,1,RO1H,3,HOX3,2,-90.,0,1 X,2,1.,1,52.5,3,180.,0 H,2,RO2H1,6,H7OX,1,180.,0,2 H,2,RO2H2,6,H8OX,1,0.,0,2 最好做个详细的说明！该例子是不是(H2O)2两个水分子的Z-matrix？ |
7楼2010-11-16 15:31:32
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请问例子里X,1,1.,2,X3O 与 X,2,1.,1,52.5,3,180.,0两行什么意思？另外怎么还有H7 H8? 例子与一般的Z-matrix不一样，前三行还能看懂，后面的就没看懂，例子输入坐标如下，请耐心指教，谢谢！ 0,1,0,3,1,2 O,0.0,0.0,0.0,1 structures begin here O,1,ROO,2 X,1,1.,2,X3O H,1,RO1H,3,HOX3,2,90.,0,1 H,1,RO1H,3,HOX3,2,-90.,0,1 X,2,1.,1,52.5,3,180.,0 H,2,RO2H1,6,H7OX,1,180.,0,2 H,2,RO2H2,6,H8OX,1,0.,0,2 最好做个详细的说明！该例子是不是(H2O)2两个水分子的Z-matrix？ |
8楼2010-11-16 16:43:02
qzhaosdu
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9楼2010-11-16 16:58:27
ykwang
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注意，在写Z-矩阵时为了方便常引入“虚”原子（Dummy Atom），符号规定为X。所以“X, 1, 1., 2, X3O” 描述的是第一虚原子，“X, 2, 1., 1,52.5,3,180.,0”描述的是第二个虚原子。由于该例中有两个H2O分子，再加两个虚原子X，故总的原子数是8个，自然可以有H7和H8存在。此外，该例前三行好懂，后面的就是标准Z-矩阵的格式，只不过在二面角之后多写一个0而已。 如果你看不懂英文，可找一本中文的Gaussian手册（小木虫上好像有，你搜一搜）。 此外，这种指定方式仅用于BSSE的计算。如果你的目的不是计算BSSE，这对你又有什么用呢？ [ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 17:38 ] |
10楼2010-11-16 17:29:44