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Me卓

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何调坐标? 已有4人参与

用vasp优化后的CONTCAR文件用VESTA转换为cif文件后,用MS打开后,分子显示不美观(按周期性还是一个分子,但是这样原子到处都有,很不美观),我想把它调回所有原子在一起的,可是不管我把坐标加1,还是减1,导入MS显示的都是一样的,如下

坐标如下

x        y        z
0.07119         0.00329         0.00554
0.10670         0.95917         0.92838
0.17097         0.96563         0.92860
0.03454         0.95491         0.04684
0.02453         0.05591         0.98445
0.12359         0.03392         0.04673
请问大家要怎么调节,才能让原子聚集在一起?
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zzy870720z

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 22:06:13:

我理解错你的意思了,rebuild的时候,还是按照原来的晶格常数的话,是可以的。不过,这个方法还是不行。选中了全部的原子后,他们是整体移动,同时往一个方向,还是不能恢复到一起

不应该吧
你的不是一个分子体系吗?莫非是几个孤立原子?
博学、审问、慎思、明辨、笃学
9楼2010-11-12 22:09:34
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zzy870720z

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢交流! 2010-11-12 19:45:28
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 18:40:26:
用vasp优化后的CONTCAR文件用VESTA转换为cif文件后,用MS打开后,分子显示不美观(按周期性还是一个分子,但是这样原子到处都有,很不美观),我想把它调回所有原子在一起的,可是不管我把坐标加1,还是减1,导入 ...

试试选取全部原子
然后工具栏有移动的小工具
移到中间的位置后菜单栏中
build->rebuild晶体试试看
博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2010-11-12 18:45:06
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Me卓

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 18:45:06:


试试选取全部原子
然后工具栏有移动的小工具
移到中间的位置后菜单栏中
build->rebuild晶体试试看

这是优化后的构型,rebuild后就不是原来的了。而且这样的话整体都是往上移动的。
其实优化前可以把分子直接移动到中间的,这个我知道。现在我就是想弄清楚这个情况下怎么可以调节?
3楼2010-11-12 19:40:17
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bingmou

金虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mazuju028(金币+1):谢谢交流 2010-11-12 20:49:45
如果你仅仅是为了画图的话,不一定要用这个坐标,可以通过把原子直接加上0.5 0.5 0.5移动到元胞的中间
4楼2010-11-12 19:47:08
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