应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】如何调坐标？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 980  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Me卓

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何调坐标？ 已有4人参与

用vasp优化后的CONTCAR文件用VESTA转换为cif文件后，用MS打开后，分子显示不美观（按周期性还是一个分子，但是这样原子到处都有，很不美观），我想把它调回所有原子在一起的，可是不管我把坐标加1，还是减1，导入MS显示的都是一样的，如下

坐标如下

x        y        z
0.07119         0.00329         0.00554
0.10670         0.95917         0.92838
0.17097         0.96563         0.92860
0.03454         0.95491         0.04684
0.02453         0.05591         0.98445
0.12359         0.03392         0.04673
请问大家要怎么调节，才能让原子聚集在一起？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-11-12 18:40:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢交流！ 2010-11-12 19:45:28
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 18:40:26:
用vasp优化后的CONTCAR文件用VESTA转换为cif文件后，用MS打开后，分子显示不美观（按周期性还是一个分子，但是这样原子到处都有，很不美观），我想把它调回所有原子在一起的，可是不管我把坐标加1，还是减1，导入 ...

试试选取全部原子
然后工具栏有移动的小工具
移到中间的位置后菜单栏中
build->rebuild晶体试试看
赞一下(2人) 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2010-11-12 18:45:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 18:45:06:


试试选取全部原子
然后工具栏有移动的小工具
移到中间的位置后菜单栏中
build->rebuild晶体试试看

这是优化后的构型，rebuild后就不是原来的了。而且这样的话整体都是往上移动的。
其实优化前可以把分子直接移动到中间的，这个我知道。现在我就是想弄清楚这个情况下怎么可以调节？
赞一下 回复此楼
3楼2010-11-12 19:40:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mazuju028(金币+1):谢谢交流 2010-11-12 20:49:45
如果你仅仅是为了画图的话，不一定要用这个坐标，可以通过把原子直接加上0.5 0.5 0.5移动到元胞的中间
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-11-12 19:47:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2010-11-12 19:47:08:
如果你仅仅是为了画图的话，不一定要用这个坐标，可以通过把原子直接加上0.5 0.5 0.5移动到元胞的中间

好滴，我试试看：-）
赞一下 回复此楼
5楼2010-11-12 20:30:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 19:40:17:



这是优化后的构型，rebuild后就不是原来的了。而且这样的话整体都是往上移动的。
其实优化前可以把分子直接移动到中间的，这个我知道。现在我就是想弄清楚这个情况下怎么可以调节？

rebulid后为什么不是原来的了？
赞一下(1人) 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
6楼2010-11-12 20:31:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-11-12 20:56:49
display style里把lattice style改成orignal 或者in cell试试看
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-11-12 20:51:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 20:31:28:


rebulid后为什么不是原来的了？

我理解错你的意思了，rebuild的时候，还是按照原来的晶格常数的话，是可以的。不过，这个方法还是不行。选中了全部的原子后，他们是整体移动，同时往一个方向，还是不能恢复到一起
赞一下 回复此楼
8楼2010-11-12 22:06:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 22:06:13:

我理解错你的意思了，rebuild的时候，还是按照原来的晶格常数的话，是可以的。不过，这个方法还是不行。选中了全部的原子后，他们是整体移动，同时往一个方向，还是不能恢复到一起

不应该吧
你的不是一个分子体系吗？莫非是几个孤立原子？
赞一下(1人) 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
9楼2010-11-12 22:09:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 22:09:34:


不应该吧
你的不是一个分子体系吗？莫非是几个孤立原子？

是一个分子，我再看看吧
赞一下 回复此楼
10楼2010-11-12 22:49:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Me卓 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] Decision: Revise for Editor还会送审吗 100+3 CccccccccFD 2026-04-04 5/250 2026-04-07 10:58 by 北京莱茵润色
[考研] 一志愿武理车辆专硕总分 281 求调剂 +4 上岸研究生. 2026-04-02 4/200 2026-04-07 09:52 by 加油向未来啊
[考研] 308求调剂 +11 墨墨漠 2026-04-06 11/550 2026-04-06 22:56 by 875465
[考研] 08600生物与医药-327 +9 18755400796 2026-04-05 9/450 2026-04-06 22:35 by 52305043001
[考研] 336材料与化工085600求调剂 +9 水星记infp 2026-04-05 12/600 2026-04-06 11:46 by 水星记infp
[考研] 308求调剂 +3 终不似从前 2026-04-05 3/150 2026-04-05 22:23 by hemengdong
[考研] 材料调剂 +13 一样YWY 2026-04-03 14/700 2026-04-05 18:20 by 蓝云思雨
[考研] 298分 070300求调剂 +15 zwen03 2026-04-02 15/750 2026-04-05 12:52 by Hdyxbekcb
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-03 4/200 2026-04-04 22:17 by hemengdong
[考研] 材料调剂 +18 一样YWY 2026-04-02 19/950 2026-04-04 22:14 by hemengdong
[考研] 315求调剂 +13 小羊小羊_ 2026-04-02 14/700 2026-04-04 20:30 by 蓝云思雨
[考研] 311求调剂 +11 勇敢的小吴 2026-04-02 11/550 2026-04-03 21:46 by qlm5820
[考研] 262求调剂 +6 励志一定发文章 2026-04-02 7/350 2026-04-03 09:54 by linyelide
[考研] 复试调剂 +3 bvzz 2026-04-01 3/150 2026-04-03 09:47 by 蓝云思雨
[考研] 考研调剂 +3 李木子0120 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:45 by dongzh2009
[考研] 372分材料与化工（085600）一志愿湖南大学求调剂 +5 蓝笺片 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:37 by dongzh2009
[考研] 求调剂推荐 +3 南山南@ 2026-04-01 3/150 2026-04-02 12:09 by xiaoranmu
[考研] 324求调剂 +5 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 10:16 by sanrepian
[考研] 求调剂0703 +5 周嘉尧 2026-03-31 8/400 2026-04-01 20:32 by ltltkkk
[考研] 350求调剂 +7 阿佳～ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 16:12 by yanflower7133
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭