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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】如何调坐标？
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Me卓

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何调坐标？ 已有4人参与

用vasp优化后的CONTCAR文件用VESTA转换为cif文件后，用MS打开后，分子显示不美观（按周期性还是一个分子，但是这样原子到处都有，很不美观），我想把它调回所有原子在一起的，可是不管我把坐标加1，还是减1，导入MS显示的都是一样的，如下

坐标如下

x        y        z
0.07119         0.00329         0.00554
0.10670         0.95917         0.92838
0.17097         0.96563         0.92860
0.03454         0.95491         0.04684
0.02453         0.05591         0.98445
0.12359         0.03392         0.04673
请问大家要怎么调节，才能让原子聚集在一起？
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1楼 2010-11-12 18:40:26
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢交流！ 2010-11-12 19:45:28
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 18:40:26:
用vasp优化后的CONTCAR文件用VESTA转换为cif文件后，用MS打开后，分子显示不美观（按周期性还是一个分子，但是这样原子到处都有，很不美观），我想把它调回所有原子在一起的，可是不管我把坐标加1，还是减1，导入 ...

试试选取全部原子
然后工具栏有移动的小工具
移到中间的位置后菜单栏中
build->rebuild晶体试试看
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2010-11-12 18:45:06
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Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 18:45:06:


试试选取全部原子
然后工具栏有移动的小工具
移到中间的位置后菜单栏中
build->rebuild晶体试试看

这是优化后的构型，rebuild后就不是原来的了。而且这样的话整体都是往上移动的。
其实优化前可以把分子直接移动到中间的，这个我知道。现在我就是想弄清楚这个情况下怎么可以调节？
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3楼2010-11-12 19:40:17
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bingmou

金虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mazuju028(金币+1):谢谢交流 2010-11-12 20:49:45
如果你仅仅是为了画图的话，不一定要用这个坐标，可以通过把原子直接加上0.5 0.5 0.5移动到元胞的中间
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4楼2010-11-12 19:47:08
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Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2010-11-12 19:47:08:
如果你仅仅是为了画图的话，不一定要用这个坐标，可以通过把原子直接加上0.5 0.5 0.5移动到元胞的中间

好滴，我试试看：-）
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5楼2010-11-12 20:30:01
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zzy870720z

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Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 19:40:17:



这是优化后的构型，rebuild后就不是原来的了。而且这样的话整体都是往上移动的。
其实优化前可以把分子直接移动到中间的，这个我知道。现在我就是想弄清楚这个情况下怎么可以调节？

rebulid后为什么不是原来的了？
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
6楼2010-11-12 20:31:28
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
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zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-11-12 20:56:49
display style里把lattice style改成orignal 或者in cell试试看
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7楼2010-11-12 20:51:38
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Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 20:31:28:


rebulid后为什么不是原来的了？

我理解错你的意思了，rebuild的时候，还是按照原来的晶格常数的话，是可以的。不过，这个方法还是不行。选中了全部的原子后，他们是整体移动，同时往一个方向，还是不能恢复到一起
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8楼2010-11-12 22:06:13
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zzy870720z

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引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 22:06:13:

我理解错你的意思了，rebuild的时候，还是按照原来的晶格常数的话，是可以的。不过，这个方法还是不行。选中了全部的原子后，他们是整体移动，同时往一个方向，还是不能恢复到一起

不应该吧
你的不是一个分子体系吗？莫非是几个孤立原子？
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
9楼2010-11-12 22:09:34
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Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 22:09:34:


不应该吧
你的不是一个分子体系吗？莫非是几个孤立原子？

是一个分子，我再看看吧
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10楼2010-11-12 22:49:59
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