应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】如何调坐标？
101/1返回列表
查看: 1289  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Me卓

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何调坐标？ 已有4人参与

用vasp优化后的CONTCAR文件用VESTA转换为cif文件后，用MS打开后，分子显示不美观（按周期性还是一个分子，但是这样原子到处都有，很不美观），我想把它调回所有原子在一起的，可是不管我把坐标加1，还是减1，导入MS显示的都是一样的，如下

坐标如下

x        y        z
0.07119         0.00329         0.00554
0.10670         0.95917         0.92838
0.17097         0.96563         0.92860
0.03454         0.95491         0.04684
0.02453         0.05591         0.98445
0.12359         0.03392         0.04673
请问大家要怎么调节，才能让原子聚集在一起？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-11-12 18:40:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢交流！ 2010-11-12 19:45:28
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 18:40:26:
用vasp优化后的CONTCAR文件用VESTA转换为cif文件后，用MS打开后，分子显示不美观（按周期性还是一个分子，但是这样原子到处都有，很不美观），我想把它调回所有原子在一起的，可是不管我把坐标加1，还是减1，导入 ...

试试选取全部原子
然后工具栏有移动的小工具
移到中间的位置后菜单栏中
build->rebuild晶体试试看
赞一下(2人) 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2010-11-12 18:45:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 18:45:06:


试试选取全部原子
然后工具栏有移动的小工具
移到中间的位置后菜单栏中
build->rebuild晶体试试看

这是优化后的构型，rebuild后就不是原来的了。而且这样的话整体都是往上移动的。
其实优化前可以把分子直接移动到中间的，这个我知道。现在我就是想弄清楚这个情况下怎么可以调节？
赞一下 回复此楼
3楼2010-11-12 19:40:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mazuju028(金币+1):谢谢交流 2010-11-12 20:49:45
如果你仅仅是为了画图的话，不一定要用这个坐标，可以通过把原子直接加上0.5 0.5 0.5移动到元胞的中间
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-11-12 19:47:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2010-11-12 19:47:08:
如果你仅仅是为了画图的话，不一定要用这个坐标，可以通过把原子直接加上0.5 0.5 0.5移动到元胞的中间

好滴，我试试看：-）
赞一下 回复此楼
5楼2010-11-12 20:30:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 19:40:17:



这是优化后的构型，rebuild后就不是原来的了。而且这样的话整体都是往上移动的。
其实优化前可以把分子直接移动到中间的，这个我知道。现在我就是想弄清楚这个情况下怎么可以调节？

rebulid后为什么不是原来的了？
赞一下(1人) 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
6楼2010-11-12 20:31:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-11-12 20:56:49
display style里把lattice style改成orignal 或者in cell试试看
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-11-12 20:51:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 20:31:28:


rebulid后为什么不是原来的了？

我理解错你的意思了，rebuild的时候，还是按照原来的晶格常数的话，是可以的。不过，这个方法还是不行。选中了全部的原子后，他们是整体移动，同时往一个方向，还是不能恢复到一起
赞一下 回复此楼
8楼2010-11-12 22:06:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-12 22:06:13:

我理解错你的意思了，rebuild的时候，还是按照原来的晶格常数的话，是可以的。不过，这个方法还是不行。选中了全部的原子后，他们是整体移动，同时往一个方向，还是不能恢复到一起

不应该吧
你的不是一个分子体系吗？莫非是几个孤立原子？
赞一下(1人) 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
9楼2010-11-12 22:09:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-12 22:09:34:


不应该吧
你的不是一个分子体系吗？莫非是几个孤立原子？

是一个分子，我再看看吧
赞一下 回复此楼
10楼2010-11-12 22:49:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Me卓 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] FileCode能看出啥？ +9 要乐观耀哥 2026-08-10 27/1350 2026-08-13 17:41 by goon12
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +5 医学老男孩 2026-08-13 12/600 2026-08-13 17:30 by Tide man
[基金申请] 静等基金结果 +6 gjjjzhong 2026-08-10 19/950 2026-08-13 17:28 by Tide man
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +3 启萌科技 2026-08-12 6/300 2026-08-13 15:34 by 高飞的梦想
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 11/550 2026-08-13 10:40 by ZH远山
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭