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nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】solvating the protein出现问题 已有2人参与

在01-BUILD目录下,打开vmd,然后里Tk输入package require solvate以调用solvate。然后在Tk里输入solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa后没有任何文件在01-BUILD目录里产生。当我在Tk里source make_solv.tcl后出现了问题:

大家帮我分析一下这是什么问题啊?? 万分感谢

[ Last edited by nufang19a on 2010-11-11 at 22:28 ]
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nufang19a

金虫 (正式写手)


太谢谢你了,很感动
5楼2010-11-16 13:18:07
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nufang19a

金虫 (正式写手)


就是因为我的01-BUILD目录里缺少solkcsa.pdb文件。感觉敢见还是在这一步:
在01-BUILD目录下,打开vmd,然后里Tk输入package require solvate以调用solvate。然后在Tk里输入solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa后没有任何文件在01-BUILD目录里产生
2楼2010-11-11 22:51:24
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nufang19a

金虫 (正式写手)


是不是因为我没有安装solvate这个软件造成了solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa
这一步无法在终端实施而没有产生solkcsa.pdb文件???
3楼2010-11-11 23:11:02
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sjnyongle

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-16 13:55:50
你可以在TK窗口输入命令:package require solvate 如果有输出如1.3,那么就说明你安装了solvate这个plugin.而且solvate -t 3 -n 8 -w ksca solksca 这行命令用该是solvate1.0的用法,因为在mem-tutorial的附属文件mem-tutorial-files中给出的solkcsa.pdb写明了是1.0的版本,而且你的版本如果是1.3的话,输入solvate,出来的usage里面根本没有-n 和-w选项,所以我怀疑是版本变了,输入的方式也变了,你可以看一下这个网站:
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ial-html/node7.html
或者用:
select all [atomselect top all]
measure minmax $all
solvate -t 3 -minmax {上一步的得到的值} -o solkcsa
希望对你有帮助!
4楼2010-11-15 19:54:23
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