24小时热门版块排行榜    

查看: 902  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】solvating the protein出现问题 已有2人参与

在01-BUILD目录下,打开vmd,然后里Tk输入package require solvate以调用solvate。然后在Tk里输入solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa后没有任何文件在01-BUILD目录里产生。当我在Tk里source make_solv.tcl后出现了问题:

大家帮我分析一下这是什么问题啊?? 万分感谢

[ Last edited by nufang19a on 2010-11-11 at 22:28 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


太谢谢你了,很感动
5楼2010-11-16 13:18:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

nufang19a

金虫 (正式写手)


就是因为我的01-BUILD目录里缺少solkcsa.pdb文件。感觉敢见还是在这一步:
在01-BUILD目录下,打开vmd,然后里Tk输入package require solvate以调用solvate。然后在Tk里输入solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa后没有任何文件在01-BUILD目录里产生
2楼2010-11-11 22:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)


是不是因为我没有安装solvate这个软件造成了solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa
这一步无法在终端实施而没有产生solkcsa.pdb文件???
3楼2010-11-11 23:11:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sjnyongle

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-16 13:55:50
你可以在TK窗口输入命令:package require solvate 如果有输出如1.3,那么就说明你安装了solvate这个plugin.而且solvate -t 3 -n 8 -w ksca solksca 这行命令用该是solvate1.0的用法,因为在mem-tutorial的附属文件mem-tutorial-files中给出的solkcsa.pdb写明了是1.0的版本,而且你的版本如果是1.3的话,输入solvate,出来的usage里面根本没有-n 和-w选项,所以我怀疑是版本变了,输入的方式也变了,你可以看一下这个网站:
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ial-html/node7.html
或者用:
select all [atomselect top all]
measure minmax $all
solvate -t 3 -minmax {上一步的得到的值} -o solkcsa
希望对你有帮助!
4楼2010-11-15 19:54:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 9/450 2026-08-21 15:38 by dcqxinyang
[基金申请] 人气不行了 +7 fansofjerry 2026-08-21 7/350 2026-08-21 14:13 by Vivilian
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +23 yaoyewhu2008 2026-08-20 25/1250 2026-08-21 12:19 by Poppy1104
[基金申请] 什么时候开奖? +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 18/900 2026-08-21 11:53 by wuchongjun
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +15 archvillain 2026-08-15 27/1350 2026-08-21 11:32 by tim76
[基金申请] 科研孤儿太难了 +15 我4大白菜 2026-08-20 16/800 2026-08-21 11:07 by yming1319
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
请填处理意见