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nufang19a
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【求助】solvating the protein出现问题 已有2人参与
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在01-BUILD目录下，打开vmd，然后里Tk输入package require solvate以调用solvate。然后在Tk里输入solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa后没有任何文件在01-BUILD目录里产生。当我在Tk里source make_solv.tcl后出现了问题： 大家帮我分析一下这是什么问题啊？？ 万分感谢 [ Last edited by nufang19a on 2010-11-11 at 22:28 ] |
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sjnyongle
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-16 13:55:50
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-16 13:55:50
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你可以在TK窗口输入命令：package require solvate 如果有输出如1.3,那么就说明你安装了solvate这个plugin.而且solvate -t 3 -n 8 -w ksca solksca 这行命令用该是solvate1.0的用法,因为在mem-tutorial的附属文件mem-tutorial-files中给出的solkcsa.pdb写明了是1.0的版本,而且你的版本如果是1.3的话,输入solvate,出来的usage里面根本没有-n 和-w选项,所以我怀疑是版本变了,输入的方式也变了,你可以看一下这个网站: http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ial-html/node7.html 或者用: select all [atomselect top all] measure minmax $all solvate -t 3 -minmax {上一步的得到的值} -o solkcsa 希望对你有帮助! |
4楼2010-11-15 19:54:23
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