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maomao-666

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】siesta中PDOS文件的处理

请教高手，如题，在siesta中怎么处理PDOS文件！

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1楼 2010-11-10 16:41:37

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xiaochun37

铁虫 (初入文坛)

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★ ★ ★ ★
cenwanglai(金币+2):谢谢回复！ 2010-11-10 17:33:18
sunyang1988(金币+2):呵呵，辛苦了 2010-11-10 19:00:47
maomao-666(金币+5): 2010-11-10 19:03:48

百度来的哈~~
一： pdosxm

我主要参考的http://fisica.ehu.es/ag/siesta-extra/issues.html 使得siesta输出的PDOS文件中没有＊。
另外对于nspin=2的情况，修改了pdosxml的代码，使得其能用。

（1）在arch.make中加入
FPPFLAGS= -DWXML_INIT_FIX

$make clean ,
$make
这样siesta输出的PDOS文件中就没有＊。

（2）推荐使用/Util/pdosxml，来读取PDOS文件，并转化成gnuplot能处理的形式
使用参见/Util/pdosxml/README

主要步骤如下:
1  在m_orbital_chooser.f90 中选好你要的轨道
2  make
3 ./pdos h2o_dos.PDOS >out

采用原来的代码，计算nspin=2时会出错，http://fisica.ehu.es/ag/siesta-extra/issues.html给出的 m_pdos.f90文件其实和原来的一样。我们要自己改一下代码
在 m_pdos.f90 大概150多行的地方：

         if (spin_polarized) then
            dos1 = dos1 + data(1:ndata:2)
            dos2 = dos2 + data(2:ndata:2)
         else
            dos1 = dos1 + data
         endif


            ｜｜替换成
            ｜｜
            ｜｜
            \ /



      if (spin_polarized) then

         !shanghui add here to make nspin=2's pdos
         do i=1,ndata/2
         dos1(i) = dos1(i) + data(2*i-1)
         dos2(i) = dos2(i) - data(2*i)
         enddo
         !shanghui end add here
      else
            dos1 = dos1 + data
      endif



这样你就能做出正负分开的PDOS了。

上面修改好的siesta放在 cluster4  /public/soft/siesta/siesta_Util_pdosxml

二  ： readpdos

我写的一个小代码，放在 210.45.121.200
~/share/Seminar_backup/siesta_tutorial/soft_siesta/readpdos
可以对有＊号的PDOS文件都能处理，但是每次体系，都要重新修改代码

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2楼2010-11-10 17:30:45

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