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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » HyperChem/NWChem » 【求助】NWCHEM6.0编译出错
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quantum999

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】NWCHEM6.0编译出错已有2人参与

在集群上，NWCHEM6.0编译出错如下



/usr/bin/ld: cannot find -lnwctask
child process exit status 1: /usr/bin/ld
make: *** [all] Error 2

那位朋友帮忙解决一下，期待中
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1楼2010-11-05 15:21:51
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★
quantum999(金币+1):谢谢参与
quantum999(金币+1): 2010-11-05 23:34:14
给点详细的信息啊，什么操作系统？什么编译器？你是按照怎样的步骤安装的，这一步是在什么地方出错的？
引用回帖:
Originally posted by quantum999 at 2010-11-05 15:21:51:
在集群上，NWCHEM6.0编译出错如下



/usr/bin/ld: cannot find -lnwctask
child process exit status 1: /usr/bin/ld
make: *** [all] Error 2

那位朋友帮忙解决一下，期待中
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2楼2010-11-05 16:26:34
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★
quantum999(金币+1):谢谢参与
quantum999(金币+1): 2010-11-05 23:34:46
缺少库nwctask
你编译的不完备
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-11-05 17:54:26
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
quantum999(金币+1): 2010-11-05 23:34:41
难道你用的是g77？
引用回帖:
Originally posted by quantum999 at 2010-11-05 15:21:51:
在集群上，NWCHEM6.0编译出错如下



/usr/bin/ld: cannot find -lnwctask
child process exit status 1: /usr/bin/ld
make: *** [all] Error 2

那位朋友帮忙解决一下，期待中
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4楼2010-11-05 20:01:26
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quantum999

金虫 (著名写手)
linux64不支持g77

用pgi编译器
非并行
从网上搜得脚本修改为
#! /bin/sh
# NWChem installation enviorment setting

export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=3221225472"
export LARGE_FILES=TRUE
export NWCHEM_TOP=/public/home/users/XXXXXX/soft/nwchem-6.0
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64
export NWCHEM_MODULES=qm
export FC=pgf90
export CC=gcc
#export USE_INTEGER4=y
export OPTIMIZE=y

#export USE_MPI=y
#export MPI_LOC=/public/software/mpich-1.2.5.2-gcc
#export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib
#export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include
#export LIBMPI="-lmpich"
#export ARMCI_NETWORK=VIA

cd $NWCHEM_TOP/src
make nwchem_config
make FC=pgf90 CC=gcc | tee make.log &

打开 src/tools/config/makefile.h 文件，把第16,17行的FC/CC设置为与环境变量中相同的编译器，或者也可以把这两行注释掉。同样，打开 src/tools/armci/config/makefile.h 文件，修改第2,3行的FC/CC设置。

运行脚本
报错

请教指点啊！
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5楼2010-11-05 23:44:56
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
quantum999(金币+1): 2010-11-07 11:00:34
quantum999(金币+1): 2010-11-07 22:39:22
没用pgi编译器编译过，也没编译过非并行的，我一直用的是icc和ifort，从来没遇到过问题，如果方便的话，把你的.bashrc和make.log贴上来看看。
引用回帖:
Originally posted by quantum999 at 2010-11-05 23:44:56:
linux64不支持g77

用pgi编译器
非并行
从网上搜得脚本修改为
#! /bin/sh
# NWChem installation enviorment setting

export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=3221225472"
export LARGE_FILES=T ...

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6楼2010-11-06 13:04:40
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quantum999

金虫 (著名写手)
环境变量中只添加了pgi
PGI=/public1/software/pgi
export PGI
MANPATH=$MANPATH:$PGI/linux86-64/7.1/man
export MANPATH
LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat
export LM_LICENSE_FILE
PATH=$PGI/linux86-64/7.1/bin:$PATH
export PATH


编译脚本如下
export LARGE_FILES=TRUE
export NWCHEM_TOP=/home/users/XXXX/soft/nwchem-6.0
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64
#export  NWCHEM_TARGET_CPU=x86
export NWCHEM_MODULES=qm
export FC=pgf90
#export USE_INTEGER4=y
export OPTIMIZE=y

#export USE_MPI=y
#export MPI_LOC=/public1/software/pgi/linux86-64/7.1/mpi/mpich/
#export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib
#export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include
#export LIBMPI="-lmpich -lpthread"
#export LIBMPI="-lmpich"
#export ARMCI_NETWORK=VIA

cd $NWCHEM_TOP/src
make nwchem_config
make FC=pgf90 CC=gcc  > make.log

报错如下
gcc: unrecognized option '-Mnomain'
../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a(cluster.o): In function `InitGlobal':
cluster.c.text+0x467): undefined reference to `__c_mzero8'
../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a(sema.o): In function `InitSemSetList':
sema.c.text+0x16): undefined reference to `__c_mset4'
collect2: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [test.x] Error 1
make[2]: *** [test.x] Error 2
make[1]: *** [tools] Error 2
make: *** [libraries] Error 1

make。log如下
test -d /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/lib/LINUX64_x86_64 || mkdir -p /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/lib/LINUX64_x86_64
Making libraries in tools
test -d /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/bin/LINUX64_x86_64 || mkdir -p /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/bin/LINUX64_x86_64

*** Building Parallel Tools ****

>>> making Memory Allocator (MA) library <<<
(cd ./ma; make  CC=gcc FC=pgf90)
echo ../lib/LINUX64/libma.a
../lib/LINUX64/libma.a
>>> making TCGMSG library <<<
(cd ./tcgmsg; make  CC=gcc FC=pgf90 MACHINE=LINUX64)
(cd ipcv4.0; make test.x)
echo ../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a
../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a
gcc -DLINUX64 -DLINUX -DEXT_INT -DPGLINUX -DNOUSE_MMAP -DTIMINGS -DNOSPIN -DSYSV -DSHMEM -O2 -funroll-loops -Mnomain -o test.x test.c ../../li
b/LINUX64/libtcgmsg.a
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7楼2010-11-07 11:12:52
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ZDBWHZ

金虫 (正式写手)
★
quantum999(金币+1):谢谢参与
quantum999(金币+1): 2010-11-07 22:39:28
直接下载binary吧
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8楼2010-11-07 18:25:51
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jsheng5059

银虫 (小有名气)
★
quantum999(金币+1):谢谢参与
NWCHEM6.0编译出错，找不到-lnwctask文件

--------------------------------------------------------------------------------
应该是编译过程中某部分库文件出错，你检查一下log，之前应该还会有别的错误信息
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Wair
9楼2010-12-25 09:58:39
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jsheng5059

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
/usr/bin/ld: cannot find -lnwctask

是由于libwctask等一系列的库没有编译。可能是由于“export OPTIMIZE=y

”这一选项造成的。我在编译时取消这个选项，然后编译能够通过。Good luck！
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Wair
10楼2010-12-27 20:01:25
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