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quantum999金虫 (著名写手)
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【求助】NWCHEM6.0编译出错 已有2人参与
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在集群上，NWCHEM6.0编译出错如下 /usr/bin/ld: cannot find -lnwctask child process exit status 1: /usr/bin/ld make: *** [all] Error 2 那位朋友帮忙解决一下，期待中  |
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2楼2010-11-05 16:26:34
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3楼2010-11-05 17:54:26
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4楼2010-11-05 20:01:26
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linux64不支持g77 用pgi编译器 非并行 从网上搜得脚本修改为 #! /bin/sh # NWChem installation enviorment setting export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=3221225472" export LARGE_FILES=TRUE export NWCHEM_TOP=/public/home/users/XXXXXX/soft/nwchem-6.0 export NWCHEM_TARGET=LINUX64 export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64 export NWCHEM_MODULES=qm export FC=pgf90 export CC=gcc #export USE_INTEGER4=y export OPTIMIZE=y #export USE_MPI=y #export MPI_LOC=/public/software/mpich-1.2.5.2-gcc #export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib #export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include #export LIBMPI="-lmpich" #export ARMCI_NETWORK=VIA cd $NWCHEM_TOP/src make nwchem_config make FC=pgf90 CC=gcc | tee make.log & 打开 src/tools/config/makefile.h 文件，把第16,17行的FC/CC设置为与环境变量中相同的编译器，或者也可以把这两行注释掉。同样，打开 src/tools/armci/config/makefile.h 文件，修改第2,3行的FC/CC设置。 运行脚本 报错 请教指点啊！ |
5楼2010-11-05 23:44:56
pwzhou
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6楼2010-11-06 13:04:40
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环境变量中只添加了pgi PGI=/public1/software/pgi export PGI MANPATH=$MANPATH:$PGI/linux86-64/7.1/man export MANPATH LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat export LM_LICENSE_FILE PATH=$PGI/linux86-64/7.1/bin:$PATH export PATH 编译脚本如下 export LARGE_FILES=TRUE export NWCHEM_TOP=/home/users/XXXX/soft/nwchem-6.0 export NWCHEM_TARGET=LINUX64 export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64 #export NWCHEM_TARGET_CPU=x86 export NWCHEM_MODULES=qm export FC=pgf90 #export USE_INTEGER4=y export OPTIMIZE=y #export USE_MPI=y #export MPI_LOC=/public1/software/pgi/linux86-64/7.1/mpi/mpich/ #export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib #export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include #export LIBMPI="-lmpich -lpthread" #export LIBMPI="-lmpich" #export ARMCI_NETWORK=VIA cd $NWCHEM_TOP/src make nwchem_config make FC=pgf90 CC=gcc > make.log 报错如下 gcc: unrecognized option '-Mnomain' ../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a(cluster.o): In function `InitGlobal': cluster.c .text+0x467): undefined reference to `__c_mzero8'../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a(sema.o): In function `InitSemSetList': sema.c .text+0x16): undefined reference to `__c_mset4'collect2: ld returned 1 exit status make[3]: *** [test.x] Error 1 make[2]: *** [test.x] Error 2 make[1]: *** [tools] Error 2 make: *** [libraries] Error 1 make。log如下 test -d /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/lib/LINUX64_x86_64 || mkdir -p /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/lib/LINUX64_x86_64 Making libraries in tools test -d /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/bin/LINUX64_x86_64 || mkdir -p /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/bin/LINUX64_x86_64 *** Building Parallel Tools **** >>> making Memory Allocator (MA) library <<< (cd ./ma; make CC=gcc FC=pgf90) echo ../lib/LINUX64/libma.a ../lib/LINUX64/libma.a >>> making TCGMSG library <<< (cd ./tcgmsg; make CC=gcc FC=pgf90 MACHINE=LINUX64) (cd ipcv4.0; make test.x) echo ../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a ../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a gcc -DLINUX64 -DLINUX -DEXT_INT -DPGLINUX -DNOUSE_MMAP -DTIMINGS -DNOSPIN -DSYSV -DSHMEM -O2 -funroll-loops -Mnomain -o test.x test.c ../../li b/LINUX64/libtcgmsg.a |
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