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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【请教】puckering parameters
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yy0520yy

金虫 (职业作家)

[交流] 【请教】puckering parameters

5-Membered Rings : E : Envelope  - Phi = k X 36
                                T : Half Chair- Phi = k X 36 + 18
6-Membered Rings : C : Chair     - Th = 0.0
                                H : Half-Chair- Th = 50.8; Phi = k X 60 + 30
                               E : Envelope  - Th = 54.7; Phi = k X 60
                               S : Screw-Boat- Th = 67.5; Phi = k X 60 + 30
                               B : Boat      - Th = 90.0; Phi = k X 60
                              T : Twist-Boat- Th = 90.0; Phi = k X 60 + 30
7-Membered Rings : C : Chair
                                TC : Twist-Chair
                                B : Boat
                               TB : Twist-Boat
如何判断是什么构象？
比如我的一个化合物中：
Q(2)  =      0.7793(19) Ang.,  Phi(2) =     277.10(13) Deg
Q(3)  =      0.2019(19) Ang.,  Phi(3) =       348.3(5) Deg

Total Puckering Amplitude Q =     0.8052(19) Ang.

Conformational Analysis (G.G. Evans & J.A. Boeyens, Acta Cryst. (1989), B45, 581-590)

           Coefficients of Primitive and Normalised Forms
           M      Primitive  Coefficient Angular Value
           -------------------------------------------
CosForm    2        0.433        0.439        22.0
SinForm             0.351        0.356        21.0
CosForm    3        0.018        0.019        28.0
SinForm             0.184        0.186        27.0
是一个七元环，是什么构象，如何判断？
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1楼 2010-11-04 17:16:31
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
期待高手出现
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2楼2010-11-05 17:53:30
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
不是吧
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3楼2010-11-08 13:16:13
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
顶起来！
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4楼2010-11-09 13:15:01
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
继续求助！
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5楼2010-11-10 08:41:06
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myfantasy8

至尊木虫 (职业作家)
★
yy0520yy(金币+1):谢谢参与
yy0520yy(金币+5): 2010-11-10 14:15:13
wsht212:谢谢交流，希望常来！ 2010-11-22 17:20:47
五元环一般lis会给出，你在lis文件中五元环下方找，比如：
Closest Pucker Descriptor: Envelope on C(5)，六元环一般还是目测！
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6楼2010-11-10 10:41:13
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by myfantasy8 at 2010-11-10 10:41:13:
五元环一般lis会给出，你在lis文件中五元环下方找，比如：
Closest Pucker Descriptor: Envelope on C(5)，六元环一般还是目测！

Q(2)  =        0.360(2) Ang.,  Phi(2) =       157.0(4) Deg
Q(3)  =       -0.339(3) Ang.

Puckering Amplitude (Q) =       0.494(2) Ang, Theta =       133.3(3) Deg,  Phi =       157.0(4) Deg


*** NOTE *** - A Change of the Absolute Configuration Transforms Theta into 180 - Theta and Phi into 180 + Phi.
             - A Cyclic Forward Shift of the Pivot Atom from At1 to At2 Transforms Theta into 180 - Theta and Phi into Phi + 120.
             - A Change of the Sense Transforms Theta into 180 - Theta and Phi into 180 - Phi, and Vice Versa.


Conformational Analysis (G.G. Evans & J.A. Boeyens, Acta Cryst. (1989), B45, 581-590)

           Coefficients of Primitive and Normalised Forms
           M      Primitive  Coefficient Angular Value
           -------------------------------------------
CosForm    2        0.088        0.124        12.0
SinForm             0.281        0.398        10.0
           3                     0.479        -1.0
                               Analysis of Ring Substituents
                               =============================
      Bond             Distance     Angle with C&P Plane Normal
---------------------------------------------------------------
C(10)   - C(9)          1.360(4)           87.21(19)  Eq
N(2)    - N(1)          1.363(3)           84.57(15)  Eq
C(12)   - C(14)         1.508(4)           75.55(18)  Eq
我的晶体中一个六元环给出的信息，这些都是什么意思？
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7楼2010-11-10 15:38:18
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hqzhang

铁杆木虫 (著名写手)
顶起来大家帮助
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9楼2011-12-24 21:11:19
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-lee-

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by yy0520yy at 2010-11-10 15:38:18
Q(2)  =        0.360(2) Ang.,  Phi(2) =       157.0(4) Deg
Q(3)  =       -0.339(3) Ang.

Puckering Amplitude (Q) =       0.494(2) Ang, Theta =       133.3(3) Deg,  Phi =       157.0(4) Deg

...

请问楼主计算puckeing parameter 的输入文件格式是什么样子的？PDB可以么？怎么设置？
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10楼2013-05-17 11:13:22
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简单回复
yy0520yy8楼
2010-11-11 10:45   回复  
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