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zhanghuaiy

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】puckering parameter计算 已有3人参与

请问各位大侠,ring puckering parameter是怎么计算的?谢谢了!!
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lanmao20

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-05-21 15:49:16
好像platon中见过,用calc all命令,在计算出的lis文件中用puckering关键词找一下
2楼2010-05-21 15:44:06
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zhanghuaiy

铜虫 (正式写手)

非常感谢这位大侠!
3楼2010-05-21 17:23:55
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wsyy163

银虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
wsht212(金币+2):谢谢交流,希望常来! 2010-05-22 10:54:32
4.计算平面Q, T值(每个原子偏离由该组原子构成平面的程度)
搜索词:Ring Puckering Analysis示例:
====================================================================================================================================
6-Membered Ring ( 1)   Cu(1)  -->   O(3)   -->   C(21)  -->   C(16)  -->   C(15)  -->   N(3)   -->------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
                                           sp3          sp2          sp2          sp2          sp2
Dev. (Ang)                -0.2468       0.1930      -0.0247      -0.0898       0.0361       0.1322
Cs(I)-Asym-Par (Deg)         9.47        17.77        27.11         9.47        17.77        27.11
C2(I)-Asym-Par (Deg)        41.03        38.18        32.23        41.03        38.18        32.23
Ring Bond Angle(Deg)        91.46       125.24       122.00       122.78       127.35       121.97
Tors(I-J) (Deg)                  33.15       -26.30         1.64         4.54        12.84       -26.10
Cs(I-J)-Asym-Par   (Deg)         38.44        28.94        35.98        38.44        28.94        35.98
C2(I-J)-Asym-Par   (Deg)          7.92        31.08        26.11         7.92        31.08        26.11
Ring Bond Distance (Ang)        1.9005       1.3627       1.4050       1.4777       1.2575       2.0189
Weighted Average Ring Bond Distance = 1.5704(999,999) Ang. - NOTE: 1st esd. Internal, 2nd esd External.
Weighted Average Abs. Torsion Angl. =  17.43( 41,528) Deg.   see: e.g. Domenicano et al., Acta Cryst.(1975), B31, 221-234.
Cremer & Pople Puckering Parameters  [D. Cremer & J.A. Pople, J.Amer.Chem.Soc., 97, (1975), 1354-1358]
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Q(2)  =          0.2978 Ang.,  hi(2)        =191.7850 Deg
Q(3)  =         -0.1922 Ang.
:: C & P - Puckering Analysis may be DUBIOUS since %(Bond Distance Range/Average) =  48.5 >  25.0 %

Puckering Amplitude (Q) =         0.3544 Ang, Theta =         122.84 Deg,  hi        =191.7850 Deg
说明:该六元环由Cu(1)  -->   O(3)   -->   C(21)  -->   C(16)  -->   C(15)  -->   N(3)组成
      计算结果为Puckering Amplitude (Q) =         0.3544 Ang, Theta =         122.84 Deg,  hi        =191.7850 Deg
      但有时程序不能计算Puckering,如果计算的话就会给出数值。
4楼2010-05-21 21:25:20
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