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zhanghuaiy铜虫 (正式写手)
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【求助】puckering parameter计算 已有3人参与
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| 请问各位大侠，ring puckering parameter是怎么计算的？谢谢了！！ |
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wsyy163
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wsht212(金币+2):谢谢交流，希望常来！ 2010-05-22 10:54:32
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4.计算平面Q, T值（每个原子偏离由该组原子构成平面的程度） 搜索词：Ring Puckering Analysis示例： ==================================================================================================================================== 6-Membered Ring ( 1) Cu(1) --> O(3) --> C(21) --> C(16) --> C(15) --> N(3) -->------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ sp3 sp2 sp2 sp2 sp2 Dev. (Ang) -0.2468 0.1930 -0.0247 -0.0898 0.0361 0.1322 Cs(I)-Asym-Par (Deg) 9.47 17.77 27.11 9.47 17.77 27.11 C2(I)-Asym-Par (Deg) 41.03 38.18 32.23 41.03 38.18 32.23 Ring Bond Angle(Deg) 91.46 125.24 122.00 122.78 127.35 121.97 Tors(I-J) (Deg) 33.15 -26.30 1.64 4.54 12.84 -26.10 Cs(I-J)-Asym-Par (Deg) 38.44 28.94 35.98 38.44 28.94 35.98 C2(I-J)-Asym-Par (Deg) 7.92 31.08 26.11 7.92 31.08 26.11 Ring Bond Distance (Ang) 1.9005 1.3627 1.4050 1.4777 1.2575 2.0189 Weighted Average Ring Bond Distance = 1.5704(999,999) Ang. - NOTE: 1st esd. Internal, 2nd esd External. Weighted Average Abs. Torsion Angl. = 17.43( 41,528) Deg. see: e.g. Domenicano et al., Acta Cryst.(1975), B31, 221-234. Cremer & Pople Puckering Parameters [D. Cremer & J.A. Pople, J.Amer.Chem.Soc., 97, (1975), 1354-1358] ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Q(2) = 0.2978 Ang., hi(2) =191.7850 Deg Q(3) = -0.1922 Ang. :: C & P - Puckering Analysis may be DUBIOUS since %(Bond Distance Range/Average) = 48.5 > 25.0 % Puckering Amplitude (Q) = 0.3544 Ang, Theta = 122.84 Deg, hi =191.7850 Deg 说明：该六元环由Cu(1) --> O(3) --> C(21) --> C(16) --> C(15) --> N(3)组成 计算结果为Puckering Amplitude (Q) = 0.3544 Ang, Theta = 122.84 Deg, hi =191.7850 Deg 但有时程序不能计算Puckering，如果计算的话就会给出数值。 |
4楼2010-05-21 21:25:20
lanmao20
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2楼2010-05-21 15:44:06
zhanghuaiy
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3楼2010-05-21 17:23:55
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