24小时热门版块排行榜    

查看: 856  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhanghuaiy

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】puckering parameter计算 已有3人参与

请问各位大侠,ring puckering parameter是怎么计算的?谢谢了!!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

晶体好贴

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wsyy163

银虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
wsht212(金币+2):谢谢交流,希望常来! 2010-05-22 10:54:32
4.计算平面Q, T值(每个原子偏离由该组原子构成平面的程度)
搜索词:Ring Puckering Analysis示例:
====================================================================================================================================
6-Membered Ring ( 1)   Cu(1)  -->   O(3)   -->   C(21)  -->   C(16)  -->   C(15)  -->   N(3)   -->------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
                                           sp3          sp2          sp2          sp2          sp2
Dev. (Ang)                -0.2468       0.1930      -0.0247      -0.0898       0.0361       0.1322
Cs(I)-Asym-Par (Deg)         9.47        17.77        27.11         9.47        17.77        27.11
C2(I)-Asym-Par (Deg)        41.03        38.18        32.23        41.03        38.18        32.23
Ring Bond Angle(Deg)        91.46       125.24       122.00       122.78       127.35       121.97
Tors(I-J) (Deg)                  33.15       -26.30         1.64         4.54        12.84       -26.10
Cs(I-J)-Asym-Par   (Deg)         38.44        28.94        35.98        38.44        28.94        35.98
C2(I-J)-Asym-Par   (Deg)          7.92        31.08        26.11         7.92        31.08        26.11
Ring Bond Distance (Ang)        1.9005       1.3627       1.4050       1.4777       1.2575       2.0189
Weighted Average Ring Bond Distance = 1.5704(999,999) Ang. - NOTE: 1st esd. Internal, 2nd esd External.
Weighted Average Abs. Torsion Angl. =  17.43( 41,528) Deg.   see: e.g. Domenicano et al., Acta Cryst.(1975), B31, 221-234.
Cremer & Pople Puckering Parameters  [D. Cremer & J.A. Pople, J.Amer.Chem.Soc., 97, (1975), 1354-1358]
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Q(2)  =          0.2978 Ang.,  hi(2)        =191.7850 Deg
Q(3)  =         -0.1922 Ang.
:: C & P - Puckering Analysis may be DUBIOUS since %(Bond Distance Range/Average) =  48.5 >  25.0 %

Puckering Amplitude (Q) =         0.3544 Ang, Theta =         122.84 Deg,  hi        =191.7850 Deg
说明:该六元环由Cu(1)  -->   O(3)   -->   C(21)  -->   C(16)  -->   C(15)  -->   N(3)组成
      计算结果为Puckering Amplitude (Q) =         0.3544 Ang, Theta =         122.84 Deg,  hi        =191.7850 Deg
      但有时程序不能计算Puckering,如果计算的话就会给出数值。
4楼2010-05-21 21:25:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

lanmao20

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-05-21 15:49:16
好像platon中见过,用calc all命令,在计算出的lis文件中用puckering关键词找一下
2楼2010-05-21 15:44:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhanghuaiy

铜虫 (正式写手)

非常感谢这位大侠!
3楼2010-05-21 17:23:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 211本,11408一志愿中科院277分,曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 4/200 2026-03-16 21:52 by Losir
[考研] 环境工程调剂 +6 大可digkids 2026-03-16 6/300 2026-03-16 17:16 by barlinike
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-15 6/300 2026-03-16 08:00 by wang_dand
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家,不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕288分求调剂 一志愿211 +4 在家想你 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 0703,333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] [0860]321分求调剂,ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +4 薛云鹏 2026-03-13 4/200 2026-03-13 10:40 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿:武汉理工,材料工程,英二数二 总分314 +3 2202020125 2026-03-10 4/200 2026-03-10 13:54 by xiongyaxuan
信息提示
请填处理意见