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langduiyue

银虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
LZ  不知道的阴性 和  阳性 是个啥情况?
角逐自我
11楼2010-10-26 16:15:12
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ap

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by langduiyue at 2010-10-26 16:15:12:
LZ  不知道的阴性 和  阳性 是个啥情况?

能具体说明吗?谢谢
12楼2010-10-26 16:30:38
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langduiyue

银虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-10-27 07:09:20
LZ  你好。 不好意思,先前我看的不是很清楚。你的这个片段 没有人P过。所以没有做阳性。 如果阴性也没有的话,那应该不是什么污染的问题。  引物也是用primer5设计的,得分还比较高,那引应该也不应该有太大的问题。
我的建议:
(1)、DNA不知道你是怎么个提取过程,因为我是做小鼠的。不同的提取方法有很大的差异。 而且我们裂解 5 ,6个小时和 一夜,结果差异也很大,主要是组蛋白有没有彻底 裂解掉。
(2)、LZ, 可以针对保守序列(例:核糖小亚基) 再设计一对引物,对你的PCR做一下质控。
(3)、数我冒昧呀, 是不是序列调错了,还菌拿错了  实在是有点诡异呀

上面胡扯几句 希望能对LZ有点帮助
角逐自我
13楼2010-10-26 16:57:18
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langduiyue

银虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
再扯两句  有时候 退火时间过长的话  非特异也会特别多, 理论上30 s 就可以搞定了, 建议做一下 退火时间的梯度。  延伸温度也是是要做一下 , 可不能小瞧它的呀
角逐自我
14楼2010-10-26 17:02:23
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-10-27 07:09:37
引用回帖:
Originally posted by ap at 2010-10-26 10:36:40:


谢谢!
1, 已知序列
2, 以TM值低5℃开始,2℃为梯度,做过退火温度梯度;用的是Takara 的pyrobest,20ul体系用1.6ul dntp; 延伸温度是72℃。做过模板浓度的摸索。对照是用大肠基因组和相应引物做的,PCR ...

假设是一个很保守的基因,那在大肠杆菌是不是也能扩增出来?


如果是已知序列。那就报道序列用的引物不更好么。
15楼2010-10-26 19:37:38
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amilie030312

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
silicare(金币+1):鼓励交流 2010-10-27 12:10:29
引用回帖:
Originally posted by ap at 2010-10-26 12:58:35:


因为我的目的基因的序列的原因,卡着我的目的基因设计引物,得分都很低。我想在目的基因上下游设计引物,得到“目的基因+上下游片段”后,再以它为模板PCR这样可行吗?

其实我原来有试过这样的,当然这是最后没办法时的办法,就是直接截取目的基因首尾前后做引物,用引物计算器算一下,如果能基本符合条件就可以试试,我曾经试出来过,那次做的虽然有杂带,但是我胶回收了一下就好了,因为实在是试了好多办法都出不来才用的这招。
16楼2010-10-27 09:27:56
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ap

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-10-26 19:37:38:


假设是一个很保守的基因,那在大肠杆菌是不是也能扩增出来?


如果是已知序列。那就报道序列用的引物不更好么。

报道序列用的引物指的是测序用的引物吗?
我的基因只测过序,没人做过实验。
17楼2010-10-27 14:49:19
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