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zhang668

木虫 (正式写手)

[资源] 【原创】写了个集群下应用测试K点或截断能的脚本已有4人参与

由于我用的是学校服务器，scf生成的总能等信息都写在了任务提交系统指定的结果文件output..+（变化ID）文件中，提交任务时的指定输出没用，因此写了个在指定任务提交系统下的脚本测试截断能和K点。

#!/bin/sh
for i in 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200
do
cat > scf.in < &control
  calculation= 'scf'
  restart_mode='from_scratch'
  pseudo_dir = './'
  outdir ='./'
  prefix = 'BiAlO3'
  tprnfor = .true.
/
&system
  ibrav = 1, celldm(1)=7.09, nat=5, ntyp = 3, ecutwfc = $i, ecutrho = 300,
/
&electrons
  diagonalization = 'david'
  conv_thr = 1.0e-8
  mixing_beta = 0.7
/
ATOMIC_SPECIES
Bi 208.98 Bi.pbe-d-mt.UPF
Al 26.98  Al.pbe-sp-van.UPF
O  15.9994 O.pbe-van_ak.UPF
ATOMIC_POSITIONS
Bi 0 0 0
Al 0.5 0.5 0.5
O  0.5 0.5 0
O  0.5 0 0.5
O  0 0.5 0.5
K_POINTS AUTOMATIC
5 5 5 0 0 0
!
pw.x -inp scf.in
E=`grep 'Harris-Foulkes estimate ' output.* |tail -1 |awk  '{printf  "%7.6f \n", $4}'`
echo $i  $E  >>Evi.dat
done

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1楼 2010-10-24 18:28:37

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zhang668

木虫 (正式写手)

脚本前面的scf.in输入参数根据你自己的情况改，唯一要变动的就是
E=`grep 'Harris-Foulkes estimate ' output.* |tail -1 |awk '{printf "%7.6f \n", $4}'`

这句中的“output”，设置成集群自己生成的结果文件名。

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7楼2010-10-24 18:58:33

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查看全部 19 个回答

fan159

金虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1505.1
帖子: 330
在线: 243.7小时
虫号: 856956

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

看不懂
是不是多加点注释比较好啊？

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2楼2010-10-24 18:32:43

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zhang668

木虫 (正式写手)

得到的Evi.dat文件中，同一组的i，E数据重复出现次数和并行节点数一样多，这个貌似没办法解决。下面是我测试的结果：（第一列是截断能，单位Ry）
60  -397.677201
70  -397.680237
80  -397.685099
90  -397.689479
100 -397.691504
110 -397.692147
120 -397.692890
130 -397.694475
140 -397.696578
150 -397.698359
160 -397.699449
170 -397.700197
180 -397.701290
190 -397.703283
200 -397.706246

发现一个奇怪的现象，能量变化幅度不是随之截断能的增加而逐渐减小的，而是在120Ry达到最小后，就开始增加了。不知道大家有没有遇到过这种情况？是什么原因呢？

[ Last edited by zhang668 on 2010-10-24 at 18:38 ]

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3楼2010-10-24 18:36:54

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