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【原创】写了个集群下应用测试K点或截断能的脚本 已有4人参与
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由于我用的是学校服务器，scf生成的总能等信息都写在了任务提交系统指定的结果文件output..+（变化ID） 文件中，提交任务时的指定输出没用，因此写了个在指定任务提交系统下的脚本测试截断能和K点。 #!/bin/sh for i in 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 do cat > scf.in < &control calculation= 'scf' restart_mode='from_scratch' pseudo_dir = './' outdir ='./' prefix = 'BiAlO3' tprnfor = .true. / &system ibrav = 1, celldm(1)=7.09, nat=5, ntyp = 3, ecutwfc = $i, ecutrho = 300, / &electrons diagonalization = 'david' conv_thr = 1.0e-8 mixing_beta = 0.7 / ATOMIC_SPECIES Bi 208.98 Bi.pbe-d-mt.UPF Al 26.98 Al.pbe-sp-van.UPF O 15.9994 O.pbe-van_ak.UPF ATOMIC_POSITIONS Bi 0 0 0 Al 0.5 0.5 0.5 O 0.5 0.5 0 O 0.5 0 0.5 O 0 0.5 0.5 K_POINTS AUTOMATIC 5 5 5 0 0 0 ! pw.x -inp scf.in E=`grep 'Harris-Foulkes estimate ' output.* |tail -1 |awk '{printf "%7.6f \n", $4}'` echo $i $E >>Evi.dat done |
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2楼2010-10-24 18:32:43
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得到的Evi.dat文件中，同一组的i，E数据重复出现次数和并行节点数一样多，这个貌似没办法解决。下面是我测试的结果：（第一列是截断能，单位Ry） 60 -397.677201 70 -397.680237 80 -397.685099 90 -397.689479 100 -397.691504 110 -397.692147 120 -397.692890 130 -397.694475 140 -397.696578 150 -397.698359 160 -397.699449 170 -397.700197 180 -397.701290 190 -397.703283 200 -397.706246 发现一个奇怪的现象，能量变化幅度不是随之截断能的增加而逐渐减小的，而是在120Ry达到最小后，就开始增加了。不知道大家有没有遇到过这种情况？是什么原因呢？ [ Last edited by zhang668 on 2010-10-24 at 18:38 ] |
3楼2010-10-24 18:36:54
4楼2010-10-24 18:43:31
5楼2010-10-24 18:54:27
6楼2010-10-24 18:54:43
7楼2010-10-24 18:58:33
8楼2010-10-24 22:42:00
9楼2010-11-08 16:27:08
10楼2010-11-09 10:31:16
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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楼主帮我看看我这个在自己电脑上做测试的脚本哪里不对呢，我试了试不成功 #!bin/sh for i in 20 30 40 50 60 70 80 90 do cat>si.$i.in< &control calculation = 'scf' restart_mode='from_scratch', prefix='silicon', tstress = .true. tprnfor = .true. pseudo_dir = '/home/espresso-4.2/pseudo/', outdir='/root/tmp/' / &system ibrav= 2, celldm(1) =10.20, nat= 2, ntyp= 1, ecutwfc =$i, / &electrons diagonalization='david' mixing_mode = 'plain' mixing_beta = 0.7 conv_thr = 1.0d-8 / ATOMIC_SPECIES Si 28.086 Si.pz-vbc.UPF ATOMIC_POSITIONS Si 0.00 0.00 0.00 Si 0.25 0.25 0.25 K_POINTS automatic 4 4 4 0 0 0 ! pw.x E='grep 'Harris-Foulkes estimate' si.$i.out|tail -l|awk '{printf "%7.6f\n",$4}'' echo $i $E >>Evi.dat done |
11楼2010-11-25 21:44:20
12楼2010-11-30 10:35:55
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zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2011-01-05 14:18:12
zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2011-01-05 14:18:12
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个人测试截断能和晶格常数两个参数，采用与CASTEP下相同的方法，结果居然随着晶格常数增加，总能一直在降低……相当无语……提高截断能和K点都不成，但是理论上总能应该有个最低点，以表示收敛啊…… 不过值得一提的是，同样的晶体结构，同样的截断能（把Ry换算为eV的话）、K点设置，居然PWscf的速度比CASTEP快得有点难以接受…… 顺便，建议在每个单独的计算后，rm -rf $DIR_TEMP/*，以防止临时文件对后续计算有影响，至少CASTEP下偶尔就有这个毛病，相当烦人…… [ Last edited by souledge on 2011-1-1 at 20:35 ] |
13楼2011-01-01 20:33:28
14楼2011-01-01 20:54:37
15楼2011-01-02 16:25:42
16楼2011-01-05 09:10:53
17楼2011-01-05 10:00:02
18楼2011-09-23 11:36:59
19楼2015-09-02 16:37:34