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blackwind

铜虫 (小有名气)

[求助] 根据文献中晶体结构如何重建晶体模型

前两天发过一个这样的帖子,但是有人回应后为了鼓励他,我就把金币给他了,可是问题还是没有解决,但是却没有人回复了,所以再发一个帖子,希望斑竹不要删,如果发现重复,删那个好了。

问:

我因为学习需要,需要将一些文献上的晶体结构资料转换成可以用软件显示的文件,如.cif文档,即使最简单的.xyz文档也可以呀


文献中晶体结构的数据如下







我尝试者转换成cif文档,难度太大,于是凑合着用.xyz文档吧,。xyz文档很简单,比如下例

79
NoName 0.000000
Cu 9.2507 5.8795 -3.6507
O 9.9006 5.0408 -5.1839
O 8.4776 6.7584 -2.1172
N 7.4580 5.2806 -3.8630
N 6.5858 5.6340 -2.8330
N 11.0917 6.2751 -3.0987
N 12.1452 5.6826 -3.6622
H 12.0662 5.1925 -4.2499
C 9.1647 4.4670 -6.1146
C 9.7864 4.1084 -7.3332
H 10.6839 4.3176 -7.4613
C 9.1102 3.4666 -8.3238
H 9.5458 3.2500 -9.1182
C 7.7578 3.1312 -8.1534
。。。。。。。。。
。。。。。。。

可以看出,第一行表示的是原子的个数,第二行不知道,以后都是原子坐标,可以在DS ViewerPro中正常显示,我尝试这把文献数据做成xyz文档,虽然原子都能正常显示,但是却不是个分子,都是一个个孤立的原子点,可能那些键的数据文献上有,我没有输入,但是我就不懂了,为什么那个可以,而我自己的却不可以呢,还是搞不定,希望高手能够帮帮忙,我把那篇文献放在这里,希望能够有人帮忙,非常着急



下载晶体数据文献


,另外能否有好心人帮我看几篇帖子呀,老是说我权限不足。

我自己做的。xyz文件如下
17
NoName 0.000000
N 4667 1462 5436
O 5970 11582 4589
O 6766 12237 3691
O 6171 4548 8573
O 7920 6250 6804
O 4920 3483 9195
O 4347 5085 7548
C 6325 7688 6625
C 6522 5826 7657
C 7056 5320 7748
C 7390 6696 6788
C 7198 8592 5758
C 4712 3486 7958
C 4936 1413 6856
C 6474 11107 4569
C 6668 9072 5679
O 8605 539 5701

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blackwind

铜虫 (小有名气)

哦,我来试试看看
5楼2006-05-25 01:01:52
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查看全部 5 个回答

kaixue

金虫 (小有名气)


wsshihan(金币+1):THX!!!
建立晶体模型,不需要输入键长和键角。
原子的坐标你已经输入了,缺的是空间群信息,这个结构的空间群是Pca21 (NO. 29). 输入后通过对称操作就可以产生立体结构。还要输入晶胞参数,就是a,b, c, alfa, Beta, Gama
还有原子坐标应是 N 0.4667 0.1462 0.5436。。。。原文的是乘10000了
我手头没有合适的软件,就不帮你画了

[ Last edited by kaixue on 2006-5-20 at 00:02 ]
2楼2006-05-19 23:52:35
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blackwind

铜虫 (小有名气)

后来弄过,可惜的是好像缺的比较烦琐的就是成键信息。

哪个原子和哪个原子相连,都不好弄
3楼2006-05-23 16:18:02
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wang_xing11

木虫 (知名作家)

不作金币奴隶的鎠虫虫


小狗(金币+1):多谢参与
兄弟,你好,我虽然不搞晶体,
不过知道不少软件可以转换坐标格式,你不妨试试:hyperchem 7 或 ms modeling
我一般用的多是pdb格式,里面有connect成键,比较直观

[ Last edited by wang_xing11 on 2006-5-23 at 17:01 ]
4楼2006-05-23 16:58:43
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