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[交流]
【求助】过渡态计算的QST3方法
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我想用QST3方法进行过渡态的计算， 下面是要计算的Reactant，TS 和Product的Z-matrix坐标，在计算时我应该怎么进行编程！ Z-matrix Reactant -1 1 C C 1 1.37627392 C 2 1.42575968 1 108.43774531 C 3 1.37206665 2 107.50395255 1 0.34412287 N 4 1.39002839 3 107.94507058 2 -0.19068569 C 1 1.50205647 2 129.12319914 3 -175.98456094 N 6 1.32203524 1 112.79863349 2 169.94558571 C 7 1.44747863 6 115.37531215 1 178.34749580 O 6 1.25817847 1 117.51858832 2 -9.65324323 C 5 1.40940766 4 123.35145132 3 -170.70334556 C 10 1.36757057 5 123.33212135 4 -57.76457926 C 11 1.45977963 10 120.79223368 5 173.76724446 N 12 1.38775966 11 112.58476961 10 -1.49926032 N 13 1.35453283 12 128.71888030 11 -0.65949554 C 14 1.29495496 13 115.90021661 12 2.50438112 O 12 1.22703749 11 126.81893035 10 178.73656358 Cl 11 1.73914371 10 123.13204032 5 -9.44582767 H 2 1.07825331 1 123.36758449 5 177.80033116 H 3 1.08031478 2 127.23288648 1 179.84943764 H 4 1.07726826 3 131.35423513 2 -178.87802439 H 8 1.09626006 7 109.44374638 6 -173.65551900 H 8 1.10192674 7 112.92222708 6 -52.68009618 H 8 1.10235392 7 112.10124173 6 66.88185467 H 13 1.00983148 12 116.00244226 11 -179.31893802 H 15 1.08032218 14 117.01209852 13 179.73407575 1 2 2.0 5 1.0 6 1.0 2 3 1.5 18 1.0 3 4 2.0 19 1.0 4 5 1.0 20 1.0 5 10 1.0 6 7 2.0 9 2.0 7 8 1.0 8 21 1.0 22 1.0 23 1.0 9 10 11 2.0 15 1.5 11 12 1.0 17 1.0 12 13 1.0 16 2.0 13 14 1.0 24 1.0 14 15 2.0 15 25 1.0 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 Z-matrix TS 0 2 C C 1 1.33704460 C 2 1.33691443 1 111.00134917 C 3 1.82226629 2 93.31247104 1 -22.20081016 N 4 1.26602097 3 92.89356301 2 38.76770063 C 1 1.35096928 5 111.00115056 4 168.32251282 N 6 1.86099769 1 87.96286671 5 36.71806547 C 7 1.46995441 6 129.82330824 1 161.13986636 O 6 1.20799181 1 136.01742134 5 -143.27844481 C 7 1.26598726 6 100.34524759 1 -18.86237423 C 10 1.33700765 7 119.99804007 6 142.45840740 C 11 1.35100060 10 117.59956364 7 35.79150985 N 12 1.44580684 11 115.83298771 10 4.09736596 N 12 1.32827325 11 87.21433577 10 56.46832885 C 11 1.25630981 10 61.97749636 7 107.89686492 O 12 1.20794580 11 122.08750450 10 -175.90896152 Cl 11 1.71898902 10 121.20026537 7 -144.20564525 H 2 1.09999884 1 124.49837581 5 180.00000000 H 3 1.09998822 2 133.34565540 1 157.80386712 H 4 1.09996968 3 133.55806331 2 -141.23068212 H 13 0.65347825 12 131.81330184 11 -58.01525779 H 8 1.11298969 7 109.44167968 6 60.03919197 H 8 1.11297668 7 109.46749716 6 -59.99773465 H 13 1.01200392 12 151.71866317 11 -111.36162618 H 15 1.09995289 11 113.02419782 10 112.90337419 1 2 2.0 5 2.0 6 2.0 2 3 2.0 18 1.0 3 19 1.0 4 5 2.0 20 1.0 5 10 2.0 6 9 2.0 7 8 1.0 10 2.0 8 21 1.0 22 1.0 23 1.0 9 10 11 2.0 15 2.0 11 12 2.0 15 2.0 17 1.0 12 13 1.0 14 1.5 16 2.0 13 14 1.0 21 1.0 24 1.0 14 15 2.0 15 25 1.0 16 17 18 19 20 21 24 1.0 22 23 24 25 Z-matrix Product -1 1 C C 1 1.41927108 C 2 1.39260680 1 105.99114797 C 3 1.41901887 2 105.62081512 1 -0.26318646 N 4 1.33712537 3 112.30142525 2 0.35070429 C 1 1.44142440 5 126.21617470 4 -175.56654741 N 6 1.44778506 1 120.21567150 5 -14.50617828 C 7 1.47165629 6 122.31935868 1 -26.36230078 O 6 1.23554580 1 123.60534374 5 165.04225996 C 7 1.38471531 6 117.12621028 1 158.32106964 C 10 1.38202452 7 126.61159304 6 139.11082465 C 11 1.45370623 10 121.79748702 7 172.45078533 N 12 1.39197813 11 112.80508444 10 1.57172772 N 13 1.34652605 12 128.14323172 11 0.86765388 C 14 1.29369590 13 116.50014083 12 -1.17036009 O 12 1.22800382 11 127.20320099 10 -179.26596718 Cl 11 1.74610858 10 123.63244493 7 -11.61087713 H 2 1.08015593 1 125.64345692 5 -179.28703652 H 3 1.08264947 2 127.48138808 1 179.61644357 H 4 1.08538935 3 127.13662146 2 -179.70364586 H 8 1.09048882 7 109.09329215 6 159.77337885 H 8 1.08833838 7 107.22879192 6 40.59255357 H 8 1.09325398 7 111.75992609 6 -79.82376966 H 13 1.00990317 12 116.20862907 11 179.37946432 H 15 1.07991323 14 116.21675287 13 -179.53308896 1 2 1.5 5 1.0 6 1.5 2 3 1.5 18 1.0 3 4 1.5 19 1.0 4 5 1.5 20 1.0 5 6 7 1.0 9 2.0 7 8 1.0 10 1.0 8 21 1.0 22 1.0 23 1.0 9 10 11 2.0 15 1.0 11 12 1.0 17 1.0 12 13 1.0 16 2.0 13 14 1.0 24 1.0 14 15 2.0 15 25 1.0 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 |
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已经有42人回复
2楼2010-10-12 22:05:47
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zhou2009(金币+1): 2010-10-13 10:40:16
dou448708915(金币+2): 2010-10-13 14:49:34
zhou2009(金币+1): 2010-10-13 10:40:16
dou448708915(金币+2): 2010-10-13 14:49:34
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第一 你用的windows版本么。 第二 你的输入文件保存成什么类型了，如果上述就是你全部的输入信息的话，你的命令行也没有，无法判断。 第三 编号一致是必须的。在gaussian view下就可以三个结构的原子编号是不是一致，也可以在gaussian view里修改各个原子编号，但是又和你显示未知文件没有关系。 第四 如果出错了 请给出输出文件的最后十行的信息。 [ Last edited by manson1998 on 2010-10-13 at 08:55 ] |
3楼2010-10-13 08:44:00
4楼2010-10-13 14:55:16
5楼2010-10-13 15:05:28
6楼2010-10-13 15:13:34
dou448708915(金币+2): 2010-10-13 21:35:01
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OMG! 这样也可以，就是麻烦了点，只不过你保存的txt格式gv无法识别罢了。放到gaussian里run还是可以的。你可以直接打开gaussian手动输入计算。 我一般是先画好结构1 ，然后copy结构2，然后粘贴，这里不是将两个结构放到一个窗口下，是用edit里面的paste中的add to molecule group。同理再粘贴结构3，然后检查这三个结构的相对应原子的编号是否一致。然后点击菜单栏的calculate-gaussian-jobtype(opt)-qst3,然后就可以保存成gv可以识别的文件了。 |
7楼2010-10-13 15:42:39
xiaowandouer
木虫 (正式写手)
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8楼2010-10-13 16:05:58
9楼2010-10-13 21:57:51
10楼2010-10-13 22:02:05
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