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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】纳米管道边界问题
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maoalbert

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】纳米管道边界问题 已有2人参与

请教一下，我在用MD模拟高分子在纳米管道中的运动时，珠子的力好像特别大，以至于一下子就跑到了管道外边，在X和Y方向我用了周期性边界条件，但是在Z方向是非周期性的，我是用Fortran自己编程的，不知道该怎样限制Z方向的位移。我想用反射的原理去做，可是反射一次的话如果还是在外边怎么办，这个已经困惑我好多天了，希望能够得到各位大侠的帮助。先谢谢了！
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1楼 2010-10-10 12:23:42
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-10 18:51:23
是参考FRENKEL的那本书吗？你的这个可以看看lammps或者 DLPOLY的源代码,对于Z方向，可以用nint()函数取整，使得跑出盒子的分子跳进去？
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好好学习，天天向上。
2楼2010-10-10 12:55:36
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maoalbert

新虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-10-10 18:51:33
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-10-10 12:55:36:
是参考FRENKEL的那本书吗？你的这个可以看看lammps或者 DLPOLY的源代码,对于Z方向，可以用nint()函数取整，使得跑出盒子的分子跳进去？

我没注意看Frenkel那本书，我只有中文版的，不知道哪里能得到DLPOLY的源代码，我不明白用nint()取整就可以跳回来么？能否解释的详细点，呵呵，我是新手。谢谢回复！
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3楼2010-10-10 16:24:57
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-11 09:28:29
引用回帖:
Originally posted by maoalbert at 2010-10-10 16:24:57:


我没注意看Frenkel那本书，我只有中文版的，不知道哪里能得到DLPOLY的源代码，我不明白用nint()取整就可以跳回来么？能否解释的详细点，呵呵，我是新手。谢谢回复！

DLPOLY的源代码，只要你与他们科研组联系，得到账号就可以了。
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好好学习，天天向上。
4楼2010-10-11 08:19:04
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-10-11 09:28:37
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-10-11 08:19:04:

DLPOLY的源代码，只要你与他们科研组联系，得到账号就可以了。

CODE:
c     standard cubic boundary conditions
        
        
        aaa=1.d0/cell(1)

        do i=iatm1,iatm2
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy(i)-cell(1)*nint(aaa*yyy(i))
          zzz(i)=zzz(i)-cell(1)*nint(aaa*zzz(i))
        enddo
        
      else if(imcon.eq.2)then
c     
c     rectangular (slab) boundary conditions
        
        aaa=1.d0/cell(1)
        bbb=1.d0/cell(5)
        ccc=1.d0/cell(9)
        
        do i=iatm1,iatm2
         
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy(i)-cell(5)*nint(bbb*yyy(i))
          zzz(i)=zzz(i)-cell(9)*nint(ccc*zzz(i))
         
        enddo
        
      else if(imcon.eq.3)then
c     
c     parallelepiped boundary conditions
        
        call invert(cell,rcell,det)
        
        do i=iatm1,iatm2
         
          ssx=(rcell(1)*xxx(i)+rcell(4)*yyy(i)+rcell(7)*zzz(i))
          ssy=(rcell(2)*xxx(i)+rcell(5)*yyy(i)+rcell(8)*zzz(i))
          ssz=(rcell(3)*xxx(i)+rcell(6)*yyy(i)+rcell(9)*zzz(i))
         
          xss=ssx-nint(ssx)
          yss=ssy-nint(ssy)
          zss=ssz-nint(ssz)
         
          xxx(i)=(cell(1)*xss+cell(4)*yss+cell(7)*zss)
          yyy(i)=(cell(2)*xss+cell(5)*yss+cell(8)*zss)
          zzz(i)=(cell(3)*xss+cell(6)*yss+cell(9)*zss)
         
        enddo
        
      else if(imcon.eq.4)then
c     
c     truncated octahedral boundary conditions
        
        if(.not.(abs(cell(1)-cell(5)).lt.1.d-6.and.
     x    abs(cell(5)-cell(9)).lt.1.d-6)) then
          print *,'error-130'
          stop
        endif
        
        aaa=1.d0/cell(1)
        
        do i=iatm1,iatm2
         
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy(i)-cell(1)*nint(aaa*yyy(i))
          zzz(i)=zzz(i)-cell(1)*nint(aaa*zzz(i))
         
          if((abs(xxx(i))+abs(yyy(i))+abs(zzz(i))).ge.
     x      (0.75d0*cell(1)))then
            
            xxx(i)=xxx(i)-0.5d0*sign(cell(1),xxx(i))
            yyy(i)=yyy(i)-0.5d0*sign(cell(1),yyy(i))
            zzz(i)=zzz(i)-0.5d0*sign(cell(1),zzz(i))
            
          endif
         
        enddo
        
      else if(imcon.eq.5)then
c     
c     rhombic dodecahedral boundary conditions
        
        rt2=sqrt(2.d0)
        if(.not.(abs(cell(1)-cell(5)).lt.1.d-6.and.
     x    abs(cell(9)-cell(1)*rt2).lt.1.d-6))then
          print *,'error-140'
          stop
        endif
        
        aaa=1.d0/cell(1)
        bbb=1.d0/cell(9)
        
        do i=iatm1,iatm2
         
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy(i)-cell(1)*nint(aaa*yyy(i))
          zzz(i)=zzz(i)-cell(9)*nint(bbb*zzz(i))
         
          if((abs(xxx(i))+abs(yyy(i))+abs(rt2*zzz(i))).ge.
     x      cell(1))then
            
            xxx(i)=xxx(i)-0.5d0*sign(cell(1),xxx(i))
            yyy(i)=yyy(i)-0.5d0*sign(cell(1),yyy(i))
            zzz(i)=zzz(i)-0.5d0*sign(cell(9),zzz(i))
            
          endif
         
        enddo
        
      else if(imcon.eq.6) then
c     
c     x-y boundary conditions
        det = cell(1)*cell(5) - cell(2)*cell(4)
        if(abs(det).lt.1.d-6) then
          print *,'error-120'
          stop
        endif
        
        det = 1.d0/det
        rcell(1) =  det*cell(5)
        rcell(2) = -det*cell(2)
        rcell(4) = -det*cell(4)
        rcell(5) =  det*cell(1)
        
        do i=iatm1,iatm2
          ssx = rcell(1)*xxx(i) + rcell(4)*yyy(i)
          ssy = rcell(2)*xxx(i) + rcell(5)*yyy(i)
          xss = ssx - nint(ssx)
          yss = ssy - nint(ssy)
          xxx(i)=cell(1)*xss + cell(4)*yss
          yyy(i)=cell(2)*xss + cell(5)*yss
        enddo
      endif
      return
      end
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5楼2010-10-11 08:22:29
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maoalbert

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-10-11 08:22:29:


[code]c     standard cubic boundary conditions
        
        
        aaa=1.d0/cell(1)

        do i=iatm1,iatm2
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy( ...

好的，谢谢您了！非常感谢！我看看先！
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6楼2010-10-11 09:31:20
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