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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】纳米管道边界问题
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maoalbert

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】纳米管道边界问题 已有2人参与

请教一下，我在用MD模拟高分子在纳米管道中的运动时，珠子的力好像特别大，以至于一下子就跑到了管道外边，在X和Y方向我用了周期性边界条件，但是在Z方向是非周期性的，我是用Fortran自己编程的，不知道该怎样限制Z方向的位移。我想用反射的原理去做，可是反射一次的话如果还是在外边怎么办，这个已经困惑我好多天了，希望能够得到各位大侠的帮助。先谢谢了！
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1楼 2010-10-10 12:23:42
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maoalbert

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-10-11 08:22:29:


[code]c     standard cubic boundary conditions
        
        
        aaa=1.d0/cell(1)

        do i=iatm1,iatm2
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy( ...

好的，谢谢您了！非常感谢！我看看先！
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6楼2010-10-11 09:31:20
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-10 18:51:23
是参考FRENKEL的那本书吗？你的这个可以看看lammps或者 DLPOLY的源代码,对于Z方向，可以用nint()函数取整，使得跑出盒子的分子跳进去？
赞一下(2人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
2楼2010-10-10 12:55:36
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maoalbert

新虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-10-10 18:51:33
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-10-10 12:55:36:
是参考FRENKEL的那本书吗？你的这个可以看看lammps或者 DLPOLY的源代码,对于Z方向，可以用nint()函数取整，使得跑出盒子的分子跳进去？

我没注意看Frenkel那本书，我只有中文版的，不知道哪里能得到DLPOLY的源代码，我不明白用nint()取整就可以跳回来么？能否解释的详细点，呵呵，我是新手。谢谢回复！
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3楼2010-10-10 16:24:57
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-11 09:28:29
引用回帖:
Originally posted by maoalbert at 2010-10-10 16:24:57:


我没注意看Frenkel那本书，我只有中文版的，不知道哪里能得到DLPOLY的源代码，我不明白用nint()取整就可以跳回来么？能否解释的详细点，呵呵，我是新手。谢谢回复！

DLPOLY的源代码，只要你与他们科研组联系，得到账号就可以了。
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好好学习，天天向上。
4楼2010-10-11 08:19:04
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