[交流] 【求助】纳米管道边界问题 已有2人参与

Originally posted by maoalbert at 2010-10-10 16:24:57:


我没注意看Frenkel那本书，我只有中文版的，不知道哪里能得到DLPOLY的源代码，我不明白用nint()取整就可以跳回来么？能否解释的详细点，呵呵，我是新手。谢谢回复！

Originally posted by zyj8119 at 2010-10-10 12:55:36:
是参考FRENKEL的那本书吗？你的这个可以看看lammps或者 DLPOLY的源代码,对于Z方向，可以用nint()函数取整，使得跑出盒子的分子跳进去？

Originally posted by zyj8119 at 2010-10-11 08:19:04:

DLPOLY的源代码，只要你与他们科研组联系，得到账号就可以了。

c     standard cubic boundary conditions
        
        
        aaa=1.d0/cell(1)

        do i=iatm1,iatm2
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy(i)-cell(1)*nint(aaa*yyy(i))
          zzz(i)=zzz(i)-cell(1)*nint(aaa*zzz(i))
        enddo
        
      else if(imcon.eq.2)then
c     
c     rectangular (slab) boundary conditions
        
        aaa=1.d0/cell(1)
        bbb=1.d0/cell(5)
        ccc=1.d0/cell(9)
        
        do i=iatm1,iatm2
         
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy(i)-cell(5)*nint(bbb*yyy(i))
          zzz(i)=zzz(i)-cell(9)*nint(ccc*zzz(i))
         
        enddo
        
      else if(imcon.eq.3)then
c     
c     parallelepiped boundary conditions
        
        call invert(cell,rcell,det)
        
        do i=iatm1,iatm2
         
          ssx=(rcell(1)*xxx(i)+rcell(4)*yyy(i)+rcell(7)*zzz(i))
          ssy=(rcell(2)*xxx(i)+rcell(5)*yyy(i)+rcell(8)*zzz(i))
          ssz=(rcell(3)*xxx(i)+rcell(6)*yyy(i)+rcell(9)*zzz(i))
         
          xss=ssx-nint(ssx)
          yss=ssy-nint(ssy)
          zss=ssz-nint(ssz)
         
          xxx(i)=(cell(1)*xss+cell(4)*yss+cell(7)*zss)
          yyy(i)=(cell(2)*xss+cell(5)*yss+cell(8)*zss)
          zzz(i)=(cell(3)*xss+cell(6)*yss+cell(9)*zss)
         
        enddo
        
      else if(imcon.eq.4)then
c     
c     truncated octahedral boundary conditions
        
        if(.not.(abs(cell(1)-cell(5)).lt.1.d-6.and.
     x    abs(cell(5)-cell(9)).lt.1.d-6)) then
          print *,'error-130'
          stop
        endif
        
        aaa=1.d0/cell(1)
        
        do i=iatm1,iatm2
         
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy(i)-cell(1)*nint(aaa*yyy(i))
          zzz(i)=zzz(i)-cell(1)*nint(aaa*zzz(i))
         
          if((abs(xxx(i))+abs(yyy(i))+abs(zzz(i))).ge.
     x      (0.75d0*cell(1)))then
            
            xxx(i)=xxx(i)-0.5d0*sign(cell(1),xxx(i))
            yyy(i)=yyy(i)-0.5d0*sign(cell(1),yyy(i))
            zzz(i)=zzz(i)-0.5d0*sign(cell(1),zzz(i))
            
          endif
         
        enddo
        
      else if(imcon.eq.5)then
c     
c     rhombic dodecahedral boundary conditions
        
        rt2=sqrt(2.d0)
        if(.not.(abs(cell(1)-cell(5)).lt.1.d-6.and.
     x    abs(cell(9)-cell(1)*rt2).lt.1.d-6))then
          print *,'error-140'
          stop
        endif
        
        aaa=1.d0/cell(1)
        bbb=1.d0/cell(9)
        
        do i=iatm1,iatm2
         
          xxx(i)=xxx(i)-cell(1)*nint(aaa*xxx(i))
          yyy(i)=yyy(i)-cell(1)*nint(aaa*yyy(i))
          zzz(i)=zzz(i)-cell(9)*nint(bbb*zzz(i))
         
          if((abs(xxx(i))+abs(yyy(i))+abs(rt2*zzz(i))).ge.
     x      cell(1))then
            
            xxx(i)=xxx(i)-0.5d0*sign(cell(1),xxx(i))
            yyy(i)=yyy(i)-0.5d0*sign(cell(1),yyy(i))
            zzz(i)=zzz(i)-0.5d0*sign(cell(9),zzz(i))
            
          endif
         
        enddo
        
      else if(imcon.eq.6) then
c     
c     x-y boundary conditions
        det = cell(1)*cell(5) - cell(2)*cell(4)
        if(abs(det).lt.1.d-6) then
          print *,'error-120'
          stop
        endif
        
        det = 1.d0/det
        rcell(1) =  det*cell(5)
        rcell(2) = -det*cell(2)
        rcell(4) = -det*cell(4)
        rcell(5) =  det*cell(1)
        
        do i=iatm1,iatm2
          ssx = rcell(1)*xxx(i) + rcell(4)*yyy(i)
          ssy = rcell(2)*xxx(i) + rcell(5)*yyy(i)
          xss = ssx - nint(ssx)
          yss = ssy - nint(ssy)
          xxx(i)=cell(1)*xss + cell(4)*yss
          yyy(i)=cell(2)*xss + cell(5)*yss
        enddo
      endif
      return
      end