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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【讨论】lammps里的boundary的位置能够随意更改？
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xiaowu787

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】lammps里的boundary的位置能够随意更改？ 已有5人参与

现在的模型分成了几个部分，其中一个部分需要按一定的初始速度的运动，直到与令一部分接触，这时候才对体系增加三维周期边界条件。这里的周期性条件如何实现呢？以及box的问题，真正的box的大小就是在增加三维周期性边界条件时候的模型大小。不知大家有没有这方面的经验？
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1楼 2010-10-09 16:24:56
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-10-09 17:57:18
这个你要试一下，很可能在一个输入文件里是不能改变边界性质的吧，我也不清楚，你设计一个小的script试一下就知道了。如果不行的话，你也许可以用jump来转到另一个文件，或者从新运行。问题可能在于你运行到什么时候进行切换。
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2楼2010-10-09 17:19:07
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-10-10 19:55:25
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-10-09 17:19:07:
这个你要试一下，很可能在一个输入文件里是不能改变边界性质的吧，我也不清楚，你设计一个小的script试一下就知道了。如果不行的话，你也许可以用jump来转到另一个文件，或者从新运行。问题可能在于你运行到什么时 ...

就是边界性质的问题不好处理，lammps好像是不能改变边界性质。如果用jump的话，那么体系原来的性质就会不复存在了，现在还需要原始体系的一些性质。原来想着在不加周期边界条件时先碰撞一下待接触时再添加周期边界条件，这样时间点不易选取。
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3楼2010-10-10 19:35:43
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-10 22:25:49
在不改变边界条件的情况下是否也能完成同样的事情，或许问题的提法可以变通一下。
由于不知道你具体情况，不好说。
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4楼2010-10-10 21:43:53
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hooge

木虫 (正式写手)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-11 11:33:29
lammps是不可以在计算中改变周期条件的
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世界是分为你和他人两个方面的！
5楼2010-10-11 09:32:48
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bluewhale at 2010-10-10 21:43:53:
在不改变边界条件的情况下是否也能完成同样的事情，或许问题的提法可以变通一下。
由于不知道你具体情况，不好说。

这是我看到的文献里的图片，和我需要的条件类似，不知在lammps里如何实现





不知lammps能不能实现改变boundary?
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6楼2010-10-11 15:40:19
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-12 09:22:46
这个是两边对撞。你在此过程中不需要改变边界条件。
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7楼2010-10-12 08:11:06
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-10-12 08:11:06:
这个是两边对撞。你在此过程中不需要改变边界条件。

看到您的提示是可以不用修改边界条件，但是感觉box的大小该如何设置呢，这一点对后面的系综很重要，因为需要用到nvt,nve,box的大小应该为碰在一起的尺寸大小。
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8楼2010-10-12 14:09:36
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你只管原子个数，再按晶体结构定box大小。你的文献可否给个出处？
碰撞的问题，好像用对撞的不多。一边固定一边撞的比较常见，其实效果是一样的。
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9楼2010-10-12 16:06:13
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-10-12 16:06:13:
你只管原子个数，再按晶体结构定box大小。你的文献可否给个出处？
碰撞的问题，好像用对撞的不多。一边固定一边撞的比较常见，其实效果是一样的。

参考文献：Journal of chemical physics 125 164707 2006
碰之前两部分有个距离，这一段距离感觉不应该包含进box，如果包含进来后面温度升高时就会膨胀，体积就不容易保持恒定了。这是我自己的想法，不知是否正确？
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10楼2010-10-12 16:32:10
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