24小时热门版块排行榜    

查看: 867  |  回复: 5

bingmou

金虫 (著名写手)

[交流] 【原创】hit a member that was already found in another star的解决方法 已有3人参与

hit a member that was already found in another star主要是计算中对称性的问题,有两种解决方法:第一是ISYM=0,也就是不用对称性减少计算;第二个是如果你确认你的系统是高对称性的,那么修改你的POSCAR,让你的基矢对称性高一点。

下面举两个例子:beta-tin和graphite。

beta Sn
4.9000000000000
1.0    0.0     0.0
0.0    1.0     0.0
0.5    0.5     0.26
  2
Direct
-0.125 -0.375  0.25
  0.125  0.375 -0.25
这个结构会出现错误。但是如下POSCAR不会,虽然结构是一样的:
beta Sn
       4.9000000000000
       1.0    0.0     0.0
       0.0    1.0     0.0
       0.0    0.0     0.52
         4
       Direct
        0 0 0
        0.5 0 0.25
       0.5 0.5 0.5
       0.0 0.5 0.75

同样的,graphite的两个POSCAR,前者会出错,后者不会:
Grahpite
1.42
1.732 0 0
0.866 1.5 0
0.866 0.5 2.73
2
Car
0 0 0
0 1 0

Graphite
1.42
1.5 -0.866 0
1.5 0.866 0
0 0 5.46
3
Car
0 0 0
0.5 0.866 0
1 0 2.73

可以看到,其实主要是基矢矩阵的问题。虽然这两个矩阵其实一样的,如果写成sqrt(3)/2之类的其实两者没有任何区别。但是由于实际输入的实话哦精度的问题,VASP可能无法识别出来的这个对称性,例如对于石墨,前者识别为C_1h对称性,空间群为C_2h,而后者为C_2v对称性,空间群为D_2h,对称性高了很多。

所以,尽可能写比较好的基矢矩阵,可以避免这个问题。采用对称性可以减少很多计算量。

[ Last edited by bingmou on 2010-10-6 at 22:02 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
学习了。
我想问下,VASP判断对称性时对数据的精度是怎么处理的呢。比如你说的例子,二分之根号三如果输入小数,大约到多少位VASP就会认为是等于sqrt(3)/2呢
心之所向无惧无悔
2楼2010-10-06 22:06:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bingmou

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2010-10-06 22:06:02:
学习了。
我想问下,VASP判断对称性时对数据的精度是怎么处理的呢。比如你说的例子,二分之根号三如果输入小数,大约到多少位VASP就会认为是等于sqrt(3)/2呢

还真不知道,有看过吧0.000000001改成0.00000000,VASP就识别的例子……
估计最好是这种0.866 和-0.866明显的对称,而不要是以来于精度。所以写出好的POSCAR也很重要
3楼2010-10-06 22:13:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

拓海1627

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
关于这个问题发现个新现象,我的一个体系,ENCUT=400,可以计算,但是调高到450就出现这个问题
这个用对称性怎么解释呢?
4楼2011-01-08 15:16:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

拓海1627

金虫 (正式写手)

另外OSICAR能正常输出,是不是对计算没有影响呢?
5楼2011-01-08 15:17:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bingmou

金虫 (著名写手)

如果能输出结果同时你能接受计算时间和计算内存,那么就没有必要去一定调整回来。毕竟对称性分析的目的就是提高计算速度,节省计算内存
6楼2011-01-08 20:10:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bingmou 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见