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amo11000

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】GEMDOCK的结果怎么分析?

各位大侠你们用过GEMDOCK吗?小弟在学习的过程中遇到了好多问题,能否帮忙解答一下啊?
1 GEMDOCK产生的能量值的单位是什么呀?
例如Compound        Energy        VDW        HBond        Elec       
cav1LLP_NAG-CID_44135857-1.pdb        -102.987        -77.1251        -25.7825        -0.0791892       

这些能量的单位是什么呀?
2 经常看到RMSD这个值,请问用什么软件可以计算RMSD啊?
3 GEMDOCK产生了几个文件:interaction Table, profile-atom based interaction; profile residue-based interaction,这几个结果有什么区别呢?
H-S-ASN-257 H-S-SER-259 H-S-ASP-264 H-M-NAG-361 H-S-NAG-361 V-S-ASN-257 V-M-LYS-260 V-S-LYS-260 V-S-ASP-263 V-S-ASP-264 V-S-NAG-361
这是GEMDOCK跑出来的结构,有谁知道H-M-NAG-361中的M是什么意思啊
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