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amo11000金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】GEMDOCK的结果怎么分析？
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各位大侠你们用过GEMDOCK吗？小弟在学习的过程中遇到了好多问题，能否帮忙解答一下啊？ 1 GEMDOCK产生的能量值的单位是什么呀？ 例如Compound Energy VDW HBond Elec cav1LLP_NAG-CID_44135857-1.pdb -102.987 -77.1251 -25.7825 -0.0791892 这些能量的单位是什么呀？ 2 经常看到RMSD这个值，请问用什么软件可以计算RMSD啊？ 3 GEMDOCK产生了几个文件：interaction Table, profile-atom based interaction; profile residue-based interaction,这几个结果有什么区别呢？ H-S-ASN-257 H-S-SER-259 H-S-ASP-264 H-M-NAG-361 H-S-NAG-361 V-S-ASN-257 V-M-LYS-260 V-S-LYS-260 V-S-ASP-263 V-S-ASP-264 V-S-NAG-361 这是GEMDOCK跑出来的结构，有谁知道H-M-NAG-361中的M是什么意思啊 |
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