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lil33931687

木虫 (正式写手)

[交流] 【请教】B级错误

lst里有提示:
0.3486   0.1092   0.0547   O5    may be split into  0.8149  0.2848  0.6313  and  0.8154  0.2503  0.6196
   0.2526   0.0899   0.0395   O6    may be split into  0.9489  0.1614  0.5165  and  0.9131  0.1661  0.5189
  PLAT232_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D       H4AA   ..  H2WA    ..       2.05 Ang.
--------------------------------------------------------------------------------Alert level C
PLAT232_ALERT_2_C Hirshfeld Test Diff (M-X)  Mn1    --  N1      ..       6.17 su   
PLAT232_ALERT_2_C Hirshfeld Test Diff (M-X)  Mn1    --  N4      ..       6.87 su   
PLAT242_ALERT_2_C Check Low       Ueq as Compared to Neighbors for        C30     
PLAT244_ALERT_4_C Low   'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors of          N5     
PLAT480_ALERT_4_C Long H...A H-Bond Reported H1WB   ..  N5      ..       2.66 Ang.

就是硝酸根的两个氧原子无序,请教大侠,我在ins里加入
PART    1
o5A      1    X1   Y1   Z1   21.00000    0.05
PART    2
o5B      1    X2   Y2   Z2  -21.00000    0.05
PART    0

PART    1
o6A      1    X1   Y1   Z1   21.00000    0.05
PART    2
o6B      1    X2   Y2   Z2  -21.00000    0.05
PART    0
应该一次加,还是分两次加?加了精修之后该怎么办?
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linhua0402313

版主 (文坛精英)


lil33931687(金币+1):谢谢参与
第二个的2和-2要换成3和-3,不然就跟上一个一样了
身在高山独抚琴,心随流水会知音
2楼2010-09-20 11:13:36
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)


lil33931687(金币+1):谢谢参与
H4AA   ..  H2WA    应该试试重新加
3楼2010-09-20 11:14:15
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lil33931687

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by linhua0402313 at 2010-09-20 11:13:36:
第二个的2和-2要换成3和-3,不然就跟上一个一样了

谢谢,我从来没遇到过这种情况,据说要在fvar后加一个数字(0-1),fvar是什么意思,因为是两个氧原子无序,是不是要添一个fvar?
4楼2010-09-20 11:23:45
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lil33931687

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2010-09-20 11:14:15:
H4AA   ..  H2WA    应该试试重新加

谢谢,水的氢原子我加了无数次,还是不行,不知道问题出在哪里?
5楼2010-09-20 11:25:56
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
Originally posted by lil33931687 at 2010-09-20 11:25:56:


谢谢,水的氢原子我加了无数次,还是不行,不知道问题出在哪里?

试着现在mercury里面看看氢键 找到合适的位置试试
6楼2010-09-20 11:29:01
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linhua0402313

版主 (文坛精英)

引用回帖:
Originally posted by lil33931687 at 2010-09-20 11:23:45:

谢谢,我从来没遇到过这种情况,据说要在fvar后加一个数字(0-1),fvar是什么意思,因为是两个氧原子无序,是不是要添一个fvar?

fvar后面本来就有一个初始的数值,空格加两个0.5 0.5
身在高山独抚琴,心随流水会知音
7楼2010-09-20 11:32:38
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lil33931687

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by linhua0402313 at 2010-09-20 11:32:38:


fvar后面本来就有一个初始的数值,空格加两个0.5 0.5

请问精修之后如何修改占有率?
ins里:

WGHT    0.100000
FVAR       0.57156   0.49792   0.44264
PART   1
O5A   4   0.82418   0.29743   0.62506  21.00000   0.08367
PART   2
O5B   4   0.80708   0.23430   0.62459 -21.00000   0.09255
PART   1
O6A   4   0.96966   0.15629   0.50407  31.00000   0.06954
PART   2
O6B   4   0.90431   0.16924   0.52708 -31.00000   0.06433
PART   0
是否将21.00000和-21.00000改为21.05000、-21.05000?
8楼2010-09-20 13:12:19
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