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【求助】请教各位几个问题
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因为对量化计算的兴趣，想将其引入自身的实验中： 体系主要是含金属离子或不含金属离子的酶体系，活性位点已知（3个氨基酸，大约20+原子）底物约10+原子，若想： 1.通过量化计算获得金属离子的参数用于分子动力学计算，如NAMD,是否可行？ 2.利用量化计算获知哪种底物可能能与活性残基反应，是否能通过能量计算给出推断？ 3.能否对反应机制给予解释？是否涉及推测过渡态？ 以上这些设想是否能利用免费量化软件，如ORCA2.8或GAMESS完成而不需要通过GAUSSIAN? |
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