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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【求助】请教各位几个问题

因为对量化计算的兴趣，想将其引入自身的实验中：
体系主要是含金属离子或不含金属离子的酶体系，活性位点已知（3个氨基酸，大约20+原子）底物约10+原子，若想：
1.通过量化计算获得金属离子的参数用于分子动力学计算，如NAMD,是否可行？
2.利用量化计算获知哪种底物可能能与活性残基反应，是否能通过能量计算给出推断？
3.能否对反应机制给予解释？是否涉及推测过渡态？
以上这些设想是否能利用免费量化软件，如ORCA2.8或GAMESS完成而不需要通过GAUSSIAN?
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1楼 2010-09-19 00:09:17
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2010-09-19 07:22:25
zh1987hs(金币+5):谢谢 2010-09-19 11:48:01
你说的都是可行的。用免费软件也都能完成。
有条件的话最好先获得实验数据，哪怕只有很少的、只能反映某一侧面的信息，然后再通过计算解释微观过程，这样做起来会心里有数。
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2楼2010-09-19 01:18:24
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★
zh1987hs(金币+4): 2010-09-19 12:30:44
heyo_123(金币+1):鼓励交流 ！！！ 2010-09-19 16:13:13
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-19 00:09:17:
因为对量化计算的兴趣，想将其引入自身的实验中：
体系主要是含金属离子或不含金属离子的酶体系，活性位点已知（3个氨基酸，大约20+原子）底物约10+原子，若想：
1.通过量化计算获得金属离子的参数用于分子动力 ...

理论上是可行的，但是实际执行是很awkward的

1 具体获得什么参数？如果是电荷还好点，如果是vDW或其他参数就麻烦了
2 过渡态，如果你只算核心无所谓，只需要把多余的悬挂键补齐即可 如果做QMMM就比较麻烦，因为NAMD没有提供任何QMMM的接口，恐怕需要自己写些接口吧

毕竟你的核心是30+原子的大体系，我知道werner他们曾经用LCCSD+MM算过发应的活化能，发了个angew
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-09-19 07:49:42
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流 ！！！ 2010-09-19 16:13:21
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-19 00:09:17:
因为对量化计算的兴趣，想将其引入自身的实验中：
体系主要是含金属离子或不含金属离子的酶体系，活性位点已知（3个氨基酸，大约20+原子）底物约10+原子，若想：
1.通过量化计算获得金属离子的参数用于分子动力 ...

用DOCK得了
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惺惺相惜情不自禁
4楼2010-09-19 09:55:09
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流 ！！！ 2010-09-19 16:13:03
内容已删除
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5楼2010-09-19 12:30:02
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流 ！！！ 2010-09-19 16:12:57
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-09-19 07:49:42:



理论上是可行的，但是实际执行是很awkward的

1 具体获得什么参数？如果是电荷还好点，如果是vDW或其他参数就麻烦了
2 过渡态，如果你只算核心无所谓，只需要把多余的悬挂键补齐即可 如果做QMMM就比较麻 ...

主要是用分子动力学计算得获得金属离子的TOP文件，具体包括什么参数暂时不清粗，估计还是会涉及VDW，我看过用Gaussian算金属酶中金属离子的参数的，作为NAMD的TOP文件，计算只会涉及普通的分子动力学模拟，不会计算QM/MM的，NAMD倒是不知道，GMX和tinker都能提供接口，tinker能和GAMESS链接进行QM/MM计算，不同听说QM/MM对机器的性能要求高，我手里只有普通的四核台式机，暂时还没想涉及，谢谢您的指教
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6楼2010-09-19 12:34:36
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