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新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】更改源代码 并行出问题 已有6人参与

我最近对lammps中 deposit的源代码进行了更改,然后编译运行在我的单核上都没问题,但在集群服务器上,就不能输出dump,运行会自动终止,也不报错,log文件变空白。但在单机运行是没问题的,自己解决了好久也不知道问题出在哪里,不知道有没有前辈有类似的经验。
我在deposit源文件中增加的代码如下:
int i,j;
>  int flag,flagall;
>  double coord[3],lamda[3],delx,dely,delz,rsq;
>  double *newcoord;
>  double **x = atom->x;
>  int    *mask = atom->mask;
>  int    nlocal = atom->nlocal;
>  int    natoms;
>  int    data = 0;
>  Region *region = domain->regions[iregion];
>
>  for(int i=0; i< nlocal ; i++) {
>    if (mask && groupbit && region->match(x[0],x[1],x[2]))  data += 1;
>  }
>  MPI_Allreduce(&data,&natoms,1,MPI_INT,MPI_SUM,world);
感觉就算其中涉及到并行问题的代码,也就是最后一句,都是模仿lammps源代码编写的,不知道问题出在哪里。
希望前辈能给予指点,万分感谢 谢谢了!!
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shusuyun

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
您好,请问一下这个涉及并行问题的代码是自己写的吗?还是说lammps里面专门有文件写关于并行的代码?
9楼2014-11-28 17:08:06
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zyj8119

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
帮顶,呼唤老虎大王,哈哈,你是这方面的专家。
好好学习,天天向上。
2楼2010-09-14 14:57:13
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362720651

新虫 (初入文坛)

再说一下 运行别的例子都没问题的
一旦用到我改了代码的deposit命令  就不dump
别的列子可以运行  说明集群服务器的mpi通信配置没问题的
但为什么单机单核可以计算 集群并行就不行了呢?
3楼2010-09-14 15:00:31
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362720651

新虫 (初入文坛)

有前辈指导么。。555
4楼2010-09-15 15:19:16
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