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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【讨论】大家晒晒关于lammps计算完后处理的图形显示工具
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xiaoxixi448

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】大家晒晒关于lammps计算完后处理的图形显示工具 已有3人参与

大家晒晒关于lammps计算完后处理的图形显示工具
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呵呵
1楼 2010-09-10 15:47:07
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xiaoxixi448

银虫 (小有名气)
我自己用的是VMD
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呵呵
2楼2010-09-10 15:48:51
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-10 15:59:35
我很少用图形显示。如果只是看看图形的话，我推荐两款小软件：
Windows下可以用raswin，很小的软件，却很好使。支持PDB、xyz等文件格式。
Linux下我常用xmakemole，这个也不大，专门显示xyz文件。

VMD功能比较强。
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3楼2010-09-10 15:51:46
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黄随便

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-15 10:35:10
Windows下可以用raswin，很小的软件，却很好使。支持PDB、xyz等文件格式。
？？、
我这raswin怎么不支持lammps产生的xyz文件啊？
赞一下(2人) 回复此楼
忍在一时，努力就有回报
4楼2010-09-15 09:42:17
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+6):谢谢 2010-09-15 17:13:14
引用回帖:
Originally posted by 黄随便 at 2010-09-15 09:42:17:
Windows下可以用raswin，很小的软件，却很好使。支持PDB、xyz等文件格式。
？？、
我这raswin怎么不支持lammps产生的xyz文件啊？

是的。好像我也记得Lammps生成的xyz不能用raswin。你可以把它的格式稍变一下。

raswin支持的xyz格式如下：
第一行： 原子数
第二行：空行或者注释行（这一行程序是不读的）
第三行开始的格式为： 元素名 x坐标 y坐标 z坐标

比如：
3

Cu 1.3 1.2 1.5
Cu 2.1 2.2 2.5
Cu 3.1 3.3 3.5

这个文件一共5行，三个原子，加上第一行的原子数和第二行的空行。
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5楼2010-09-15 17:03:05
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