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田菊梅

金虫 (正式写手)

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我在进行晶体的check时,A类错误说
Alert level A
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X       H2A    ..  H2WB    ..       1.79 Ang.
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X       H2C    ..  H2WB    ..       1.36 Ang.
PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing ..          ?
PLAT053_ALERT_1_A Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT054_ALERT_1_A Medium  Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT055_ALERT_1_A Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........          ?
PLAT223_ALERT_4_A Large Solvent/Anion  H     Ueq(max)/Ueq(min) ...       7.64 Ratio
特别是第一个,第二个,和最后一个不知道怎么弄,我也有固定了键长,但还是不行。怎么办?朋友们支支招,感激不尽呀!!!!
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southsea313

木虫 (正式写手)


田菊梅(金币+2): 2010-09-09 08:47:15
eeqeeq0002(金币+1):谢谢 参与 2010-09-09 15:01:09
PLAT053_ALERT_1_A Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT054_ALERT_1_A Medium  Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT055_ALERT_1_A Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........          ?
前面3个是晶体尺寸,CIF表里填写好或者在INS文件里加SIZE * * *,第四个停歇CIF表能搞定
2楼2010-09-09 08:28:35
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)


田菊梅(金币+1): 2010-09-09 08:47:22
eeqeeq0002(金币+1):谢谢 参与 2010-09-09 15:01:17
第一二个可能是氢加的不对 删掉重新加
最后一个有可能是溶剂无序造成的
3楼2010-09-09 08:42:57
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田菊梅

金虫 (正式写手)

PLAT053_ALERT_1_A Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT054_ALERT_1_A Medium  Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT055_ALERT_1_A Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........          ?
前面3个是晶体尺寸,CIF表里填写好或者在INS文件里加SIZE * * *,第四个停歇CIF表能搞定
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2380035

楼主能不能具体点,我还是个新手,固定了键长  还是没能改善这个错误
4楼2010-09-09 08:48:34
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田菊梅

金虫 (正式写手)

第一二个可能是氢加的不对 删掉重新加
最后一个有可能是溶剂无序造成的
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2380035&pid=97660&page=1#pid97660


我刚开始也这么认为,以为是氢加错了,我也删了重来过,但还是这样,怎么办?溶剂的无序造成的,我应该怎么纠正呢?
5楼2010-09-09 08:50:36
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田菊梅

金虫 (正式写手)

我是为新手,希望楼主朋友能够详细点,真是感谢大家了
6楼2010-09-09 08:52:31
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cfocus20

至尊木虫 (职业作家)


田菊梅(金币+5): 2010-09-09 12:19:06
eeqeeq0002(金币+1):谢谢 参与 2010-09-09 15:01:32
田菊梅(金币+1): 2010-10-18 14:13:09
PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing ..          ?
在cif 檔內填入相關吸收校正方法(先找到這項)

PLAT053_ALERT_1_A Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT054_ALERT_1_A Medium  Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT055_ALERT_1_A Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
以上三個在ins 檔內加入 SIZE 0.3 0.2 0.1 (此數值是根據你晶體大小)

PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M
Given ........          ?

在cif 檔內加入你的space group( 先找到這項在後面填入)

PLAT223_ALERT_4_A Large Solvent/Anion  H     Ueq(max)/Ueq(min) ...       7.64 Ratio
此項應該你還有其他大Q 峰未解決
Smart_work_and_beautiful_life!
7楼2010-09-09 11:27:26
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

学习了,但关键是第一、二 _ALERT应该如何应对?这好象是我这初学者今后也会遇到的问题,而且是很难解决的问题,还望诸位大侠和前辈指教一二。
8楼2010-09-09 13:27:29
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

田菊梅(金币+1): 2010-09-09 18:58:08
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2010-09-09 13:27:29:
学习了,但关键是第一、二 _ALERT应该如何应对?这好象是我这初学者今后也会遇到的问题,而且是很难解决的问题,还望诸位大侠和前辈指教一二。

应该还是氢加的不对 如果是是c上的可以考虑理论加 氧上的氢最好结合氢键来加 最后一个有可能是你溶剂的氢的Ueq没有固定为母原子相应的倍数
9楼2010-09-09 13:54:54
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2010-09-09 13:54:54:

应该还是氢加的不对 如果是是c上的可以考虑理论加 氧上的氢最好结合氢键来加 最后一个有可能是你溶剂的氢的Ueq没有固定为母原子相应的倍数

现在我想学的就是O原子上加H的应用原则问题。还望大侠指教,假定一个水为配位水,另一个水分子就在其附近,比如距离大约为2.8左右。我想知道应该先给谁加H?配位O?或游离O?如果无残基Q峰要课堂,此时如何确定H的相对位置?如何考虑其间应该在何方向上形成H键?
多谢指教!谢谢!
10楼2010-09-09 16:18:02
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