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hapwave

荣誉版主 (著名写手)

向日阳光

[交流] 【求助】如何重新合并 Friedel data 已有3人参与

昨天投的ACTA E今天编辑回信了:
意见如下:Mo Ka measured Friedel data cannot be used to determine absolute structure in a light atom study.  Accordingly, you will need to merge the Friedel data and re-refine the structure.

哪位热心的虫子帮忙看看如何解决,谢谢啦!

本人不是学晶体的,希望能讲一些具体的操作。

[ Last edited by hapwave on 2010-9-2 at 13:59 ]
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)


hapwave(金币+3):能讲一些具体的操作吗?着急,又不懂呀,过会再加分! 2010-09-02 14:12:21
hapwave(金币+2):再补加一次吧,哈哈!热心人 2010-09-02 14:25:00
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-09-05 22:35:48
重新还原数据。
2楼2010-09-02 14:05:19
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koufuye008

捐助贵宾 (正式写手)

继续前行


hapwave(金币+90):万分感谢,给您加90吧。过会我把操作写出来贴上! 2010-09-02 14:23:04
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-09-05 22:35:55
参与下   merg 2
3楼2010-09-02 14:20:22
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xuanyuanjie

至尊木虫 (著名写手)

木虫隐修士


hapwave(金币+5):哦,明白了!多谢您的热心参与啦 2010-09-02 14:24:13
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-09-05 22:36:00
Mo靶不行换Cu靶。
我思故我在,神与我同在。
4楼2010-09-02 14:20:32
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
nash603(金币+1):谢谢回贴交流! 2010-09-02 19:43:05
hapwave(金币+50):十分感谢,再加点分给您! 2010-09-03 12:46:15
在ins文件中加入“merge 3" 精修,把用'merge 2"精修2次所得的_refine_ls_number_reflns          xxx

相减就可以得到一个“_refine_ls_abs_structure_details
'Flack H D (1983), Acta Cryst. A39, 876-881, xxx Friedel  pairs'

_refine_ls_abs_structure_Flack    unk 加入到cif文件中。

[ Last edited by ljmmarise on 2010-9-2 at 17:52 ]
5楼2010-09-02 17:51:42
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hapwave

荣誉版主 (著名写手)

向日阳光

帝夫:感谢回帖交流! 2010-09-05 23:36:06
我的化合物原料 构型是已知的, 能不能根据这个 推断产物的构型呢?
6楼2010-09-03 13:59:22
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hapwave

荣誉版主 (著名写手)

向日阳光

★ ★
wsht212(金币+2):lz的这个帖子是比较专业的分析了啊,今天看的xi2004老师发的一篇文章中也讲了! 2010-09-05 22:37:23
请问merg 2或3或4有何区别?


3. 如果绝对构型确定不了怎么办?

有时候, 由于没有>Si的重原子, 或Friedel pairs的数目不够多, 或者是racemic twin, 结果flack 参数没有靠近0,而且偏差大, 比如 0.49(13). 这时候, 绝对构型无法靠反常散射来确定, 那么, Friedel pairs要被合并掉, 具体如下.

1). 在.ins中加 merg 3, 精修到收敛

2).  在CIF中加
_chemical_absolute_configuration  unk

  在CIF中删去

_refine_ls_abs_structure_details  'Flack (1983), 1283 Friedel pairs'
_refine_ls_abs_structure_Flack    ?

3). 要在refine special一栏说明绝对构型不确定的原因.
7楼2010-09-05 21:07:46
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wsht212

荣誉版主 (文学泰斗)

江湖浪子之飞天

优秀版主优秀版主

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
帝夫(金币+2):感谢回帖交流! 2010-09-05 23:28:32
一般mo靶精确地不如cu靶高,但如果你的晶体里没有金属等重原子或晶体比较小的话要选择cu靶来测!不好意思对于5L的我还没有遇到过这种问题。你的化合物构型已知的话可以把它的构型在你解晶体的时候作为指导,但不能作为晶体解析时的全部指导,因为在长晶体的时候构型是否改变还需要解出来之后再对比确定。如果你的数据自己不能搞定的话建议你直接找xi2004老师或大神人老师来处理,因为编辑给你的时间不多,你的压力也比较大!
8楼2010-09-05 22:33:51
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